O que eu quis dizer é que os dois projetos compartilham as mesmas bibliotecas

.
E o wine não simplesmente roda programas do Windows sobre o Linux, ele se aproveita do kernel do Linux em tudo que possível. WINE Is Not an Emulator.
Não a toa que ele tem um desempenho muito maior que o Windows em leitura/escrita no disco rígido:
Disk - Sequential Read
6.67 30.95 +364.018%
Disk - Sequential Write
7.97 27.21 +241.405%
Disk - Random Seek + RW
2.11 5.94 +181.517%
(primeira coluna é o desempenho do XP, segunda do wine e a terceira a diferença)
De
http://wiki.winehq.org/BenchMark-0.9.33