Eu já vi este termo aplicado a situações específicas, como um cromossomo que tem um rearranjo (mutações cromossômicas). Digamos que um dos cromossomos seja portador de uma duplicação… Alguns autores usam o termo "heterozigoto ou homozigoto" em referência ao fato de o indíviduo ter um ou os dois cromossomos com a tal duplicação.
É comum quando ser fala em evolução cariotípica e se está diante de um polimorfismo dizer que o citótipo (tipo cariotípico) é o heterozigoto, ou homozigoto normal ou afetado. Como outros tipos de variações, estas também costumam surgir em heterozigose, e depois podem se espalhar na população.
Assim, o sentido continua o mesmo, mas a "mutação" ou variação em questão é bem maior, pois pode evolver vários genes que estão contidos naquela porção do cromossomo que é diferente em relação ao tipo selvagem (ancestral).
ps. editado devido aos erros de digitação...
