Pelo menos até o alpha 1, a melhor integração da interface com o SO só inclui Mac OS e Windows. No Linux continua a mesma coisa, aparentemente haverá uma versão para Linux usando Qt 4, mas isso não muda como a interface (não) se integra com o GTK.
Os únicos jeitos são:
A) instalar o Qt-GTK-engine, e deixar aplicativos GTK parecidos com aplicativos Qt
B) instalar algum tema para o Qt que lembre o tema que você está usando no GTK.