acho que não, marcel. a suprema corte teria, já que o sistema de controle de constitucionalidade norte-americano é o que se chama de concentrado. isso quer dizer que as sentenças que produz são válidas para todos os casos e não somente para aquele que foi objeto de julgamento. no caso brasileiro tínhamos um sistema de controle difuso, em que as decisões só eram válidas nos casos julgados, até que foram introduzidos alguns elementos de controle concentrado, como a ação direta de inconstitucionalidade e a ação declaratória de constitucionalidade. isso deu ao nosso sistema um caráter misto.
então um caso individual pode tratar da ação afirmativa e naquele caso o stf declarar a inconstitucionalidade de qualquer peça de lei que institua cotas. se eu for parte do caso, vou ser afetado pela decisão, mas as cotas vão continuar correndo livres pra todo o resto. poderia alguém então entrar com uma adin (ação declaratória de inconstitucionalidade) no stf relativa a certa lei que instituísse cotas. os efeitos de uma adin são erga omnes, valem contra todos. mas não adiantaria muito dado que não há, eu acredito, uma só lei que dê origem ao regime de cotas e que algumas universidades adotaram a política mesmo desobrigadas. e se as cotas são instituídas por portarias ou outras formas legislativas ainda há o risco de o stf se recusar a julgar a adin, que só pode ter como alvo determinadas formas normativas, como leis. e aí talvez coubesse uma adpf(argüição de descumprimento de preceito fundamental), mas já não sei.
em suma, não há muito que o stf possa fazer. mas o congresso pode produzir uma lei que proíba cotas e para que não haja futuros problemas dá pra requisitar que o stf declare a constitucionalidade dessa lei. mas aí é esperar muito do congresso...