Pelo (pouco) que sei de genética, um casal apenas não é suficiente para manter "viva" uma espécie. Tanto é que algumas espécies, apesar de ainda terem um certo número de indivíduos vivos, já são consideradas praticamente extintas, porque o numero reduzido não é suficiente para "recompor" a espécie, pelo problema da endogamia.
No caso do milho híbrido, duas ou mais variedades de milho são autofecundadas sucessivamente para atingir um alto grau de homozigose. Uma vez atingido este grau elevado, elas são cruzadas entre si, e então consegue-se uma população altamente heterozigota, ou seja, com alto grau de hibridação, que normalmente é muito mais produtiva do que as variedades originais (claro, isto está explicado a grosso modo).
O fato é que quando se está autofecundando as variedades, o grau de homozigose crescente faz com que elas fiquem cada vez mais fracas, produzam menos sementes, fiquem menores, mais propensas a pragas e doenças, etc. Isto porque o milho é uma planta de fecundação cruzada, então em estado natural ele é favorecido pela heterozigose (como os humanos também são, novamente, a grosso modo - e bota grosso modo nisto

).
Por isso eu acho impossível que um casal apenas tenha gerado toda a população humana, a tendência à degeneração pela endogamia seria muito grande.
Tudo bem, eu sei que um ser humano é bem diferente de um pé de milho

, mas o princípio é o mesmo.