A manutenção no banco de dados não se dá só para diminuir o tamanho dele por falta de espaço; uma quantidade grande de registros diminui a velocidade com que estes são acessados. Por mais que a estrutura de um banco de dados seja otimizada e muito rápida, a perda de performance ainda acontece. E o problema se agrava quando o acesso ao banco se dá muitas vezes, que é o que ocorre em um site: várias pessoas acessando ao mesmo tempo.
A remoção de registros inúteis também ajudam a gerenciar melhor as estatísticas do site, tendo um controle melhor dos usuários que efetivamente participam aqui.
Por isso essa prática (que, curiosamente, se chama, MANUTENÇÃO) é uma prática adotada aqui e por todos os bons profissionais da área.