Eu conheço a discografia completa das duas bandas, adoro o Yes, mas devo dizer que o Pink Floyd é superior.
Talvez o Yes tenha superioridade na qualidade técnica dos músicos que por ali passaram, se fizermos um comparativo, os bateiristas Bill Bruford (que posteriormente tocou com o antológico King Crimson dos anos 70) e até mesmo Alan White são superiores a Nick Mason, Steve Howe está no mesmo patamar na guitarra que David Gilmour (estilos diferentes), o Rick Wakeman é um tecladista mais completo que o Richard Wright (embora prefira ainda o Wright), e o Chris Squire é simplesmente um dos melhores baixistas de todos os tempos, enquanto o Roger Waters é um tanto quanto medíocre na função, embora seja genial como mentor.
Mas o Pink Floyd tem mais mágica, mais criatividade, mais feeling, o Yes basicamente tem 3 albuns que considero geniais (a saber Fragile, Close to the Edge e Relayer) enquanto o Floyd possoui 7 obras primas da humanidade (a saber Piper at Gates of Dawn, Atom Heart Mother, Meddle, Dark Side of the Moon, Wish You Were Here, Animals, The Wall).
Extrapolando um tanto na comparação, seria como pegar os músicos do Dream Theater, que são muito mais técnicos que os dos Beatles, e concluir que o DT é uma banda melhor que os Beatles, o que é absurdo demais.
Sem contar o diferencial principal que faz com que o Floyd seja definitivamente melhor que o Yes: Roger SYD Barrett, simplesmente um dos cinco maiores gênios do rock (ao lado de Lennon, Zappa, Bowie e Jim Morrison)
Como o Snake ressaltou, as duas bandas passaram por períodos negros na década de 80, mas diria que foi mais negra para o Yes. O Pink Floyd se separou do seu líder após o album Final Cut (bastante subestimado por sinal), e lançou o péssimo Momentary Lapse of Reason (de onde só salvamos o título e a arte da capa, ambos geniais). Mas o Yes cometeu verdadeiros crimes musicais nessa década, ao lançar troços (só podem ser chamados assim) como 90125 e Big Generator.
Por fim, diria que essa rivalidade Yes e Pink Floyd só existe entre os fans (geralmente, são os xiitas do Yes que atacam o Floyd por este ser muito mais famoso), as bandas tem muito pouco em comum para haver qualquer tipo de rivalidade.