Não sabia que a ecolocalização primeiro tinha sido a hipótese preferida durante muito tempo. Achei isso a parte mais surpreendente da notícia, já que nem são todos os morcegos atuais que tem ecolocalização (megaquirópteros não têm), e a hipótese preferida, que eu saiba, sempre foi de que ambos descendem de um morcego ancestral, e não que fossem um caso de evolução paralela. Mas talvez os megaquirópteros tenham "vestígios" de ecolocalizadores, eu não sei.
Fora isso, a evolução do vôo me parece mais provável em todos os casos (menos nos insetos) sendo "de cima para baixo", nesse caso até mais para os morcegos que para as aves. Mas isso não é necessário para essa idéia de ecolocalização surgindo primeiro, de qualquer forma.