Vou tentar explicar um pouco o que significam. Se nao quiser mts detalhes pule logo pro final. (nunca estudei mt a fundo placas de videos)
PCI Express é o barramento, que significa uma máxima teorica de transferencia de dados entre a placa de video e a placa mae.
http://en.wikipedia.org/wiki/PCI_ExpressA memória Ram, é apenas o local para alocar os dados utilizados nos processamentos. A quantidade faz diferença apenas dependendo de quanta informação vc deseja processar (apenas a quantidade de informação, e nao a velocidade em que deseja ela). Como ambas sao iguais nao tem diferença neste quesito.
DDR2, e DDR3, é o nome de um padrao, uma tecnologia de memória. Neste caso a DDR3 possui uma maior frequencia (maior velocidade de acesso ao dado), e consome menos energia. Existem intervalos de variação de cada modelo, podendo varias a frequencia, mas a frequencia da DDR3 é sempre maior que as tecnologias anteriores.
8600 ou 8800, é a numeração do chip criado pela nVIDIA, e as letras subsequentes sao pequenas variantes de cada um, normalmente indicando padroes (que nao lembro no momento). cada chip possui especificações proprias. Neste caso vou comparar as principais especificações:
                         Clock         Clock da        Memória    Taxa de           Pixels                                           memória                     Transf. Memória    por clock         
GeForce 8600 
GT                540 MHz / 
                         1,18 Ghz        1,4 Ghz        128 bits      22,4 GB/s         32
GeForce 8800 
GTS                500 MHz 
                / 1,2 Ghz          1,6 Ghz         320 bits      64 GB/s             96
(Dados tirados de 
www.clubedohardware.com.br, tabela comparativa de chips da nVidia)
Baseado nos testes feitos a baixo (ultimos links), uma 8600GTS q eh um pouco melhor q a GT, faz 36 frames/s no age of empires 3 (1280x1024), contra 77fps de uma 8800GTS. 
No jogo Crysis (1024x768), a 8800GTS fez 57fps, e a 8600GTS fez 18. 
Por estes resultados eu jah não compraria a 8600, praticamente não roda Crysis xD, quem sabe tem alguma outra mais intermediaria. Recomendo ler os artigos e tirar suas conclusoes.
Testes com aplicativos reais e comentarios do autor:
8800GTS: 
http://www.tomshardware.com/reviews/geforce-8800-gts-512-mb,1743.html8600GT:
http://www.tomshardware.com/reviews/geforce-8600,1585.html