Há algum material molecular de neandertais, e se estima que a divergênci se tenha dado há cerca de 500 mil anos. Até a pouco tempo, a opinião mais popular era de que não teria havido introgressão alguma nas linhagens de sapiens, mas recentemente umas pesquisas levaram alguns a suspeitar de que alguns poucos genes foram introduzidos sim, sendo preponderantes na Europa e Ásia (e América) mas raros na África.
Eu acho meio exagerado, porque exigiria um tipo de "super-seleção natural" que não parece ter motivos claros. O papel conhecido dos genes é no desenvolvimento cerebral (cujos neandertais tinham mais acelerado ou tinham cérebros proporcionalmente maiores, não lembro), mas não se sabe sobre estarem causando diferenças nessas populações atuais que tem versões diferentes dos genes funcionais (versões defeituosas resultam em coisas como microcefalia), como por exemplo, QI. E ainda há toda aquela coisa de splicing alternativo (um mesmo gene codificar coisas diferentes em fases diferentes do desenvolvimento, o que significa que teoricamente, apesar de diferentes genes, a mesma proteína relacionada ao desenvolvimento cerebral poderia estar sendo produzida em todos os H. sapiens) e diversas complicações do desenvolvimento (que teoricamente significam que, aidna que a proteína codificada seja de fato diferente, o resultado na prática pode ser igual porque outras diferenças compensam; meio como se trocar chaves de fenda por phillips, junto com os parafusos - dá no mesmo, no fim das contas).
Além de ser totalmente misterioso o papel extremamente importante para adaptação conferido pelo alelo, não é só por ele que se precisa de uma "super seleção natural", mas para eliminar praticamente quase todo vestígio de introgressão neandertal; ou seja, só esse alelo junto do genoma sapiens é extremamente benéfico, e os outros todos são deletérios a ponto de serem substituídos pelos alelos sapiens "normais", o que é meio surreal, até pelo grau de parentesco próximo, que sugeriria que a maior parte das diferenças seriam meio "neutras", nada tão deletério assim, e seriam mais fáceis de se encontrar.
Fora isso, há estudos que sugerem que o mesmo gene possa ter se fixado da forma que se encontra de forma meramente aleatória; aí as características dele que parecem sugerir que na verdade seja "mais velho", que tenha vindo de introgressão, seriam algum tipo de engano, não sei bem.