Depende apenas de quem cria a denominação.
Uma variante que se separa de uma forma hegemônica é considerada uma seita, separar é seccionar, ser sectário (seguidor de uma seita) é participar dessa secção.
Quando uma seita se torna tão diferente da corrente original a ponto de ser considerada uma religião diferente depende de interesses de ambas as partes.
Exemplos: O cristianismo no início era visto como uma seita do judaísmo, seus membros eram principalmente judeus com uma visão divergente sobre a chegada do messias. Com o tempo essa divergência e outros costumes o levaram a ser reconhecido como uma religião a parte, não uma secção que pudesse eventualmente reunir-se à origem.
A igreja católica muitas vezes encara as igrejas protestantes como seitas, dissidencias da fé "verdadeira", poucos as veriam como religiões separadas, já que os principais pressupostos são os mesmos em todas as igrejas cristãs.
Dentro do cristianismo não católico há numerosas vertentes, algumas de pequeno porte, de origem personalista e sem definição teológica que as diferenciem, mas que adotam costumes e denominações específicas para se separarem (seccionarem) das que já havia. Estas são também encaradas como seitas.
Enfim, a diferença é sempre discutível.