Eu decidi adotar o sistema de popup porque eu precisava que o navegador abrisse o mais limpo possivel, pode reparar que a verdadeira intenção é retirar a barra de endereço e outras coisas inuteis que ocupam espaço na tela e deixam a visualização menor. [...]
E exatamente isso é que é o mau hábito. Você está fazendo cosias que o usuário não necessariamente quer que você faça e nem sempre isso funciona. Ninguém (além do designer) quer um site abrindo em fullscreen sem o usuário mandar. Ninguém quer que um site mexa nas configurações de seu browser, emsmo que elas não sejam permanentes. E, principalmente, isso não funciona, necessariamente. Por exemplo, eu uso apenas uma janela do firefox e abro tudo em abas, então, o popup que vc teve tanto trabalho pra configurar, tirar barra de status, tirar barra de menu, de endereço, de favoritos e de abas. e que meu browser (e a maioria dos browsers modernos) enche o saco do usuário, simpelsmente não funciona. O browser reclama do popupe, eu libero e ele abre em nova aba, na mesma janela de antes.
Ou seja, colocar popup só te deu mais trabalho, enche o saco do usuário e nem sempre funciona. E a vantagem que vc tem com isso é mínima. Principalmente pq tem gente acessando seu site com resolução 1366x768, 1280x800, 1024x768 e 800x600.