Só especulando:
a)
Por motivos sociais, as mães passam mais tempo com filhos/filhas que pais;
Memes e etc. são mais facilmente passadas em um meio onde há maior repetição dos mesmos;
Portanto, a mãe, na nossa sociedade, passa mais memes que o pai.
Religiões são conjuntos de memes, mais passados pelo contato social que por meios racionais;
Portanto, há maior chance de uma religião "genérica" a ser seguida ser a da mãe e não a do pai. Isso o Buckaroo já disse, estou só sistematizando.
b)
O progenitor do mesmo sexo costuma ser o exemplo de "como devo ser" (ser = pensar e agir). O do sexo oposto, "quem devo agradar".
Essa premissa é questionável, mas se for verdadeira, significa que a religião será herdado do progenitor do mesmo sexo, a não ser que isso represente prejuízo às relações com o progenitor do sexo oposto - neste caso, serão herdados elementos das crenças do progenitor do sexo oposto numa base ideológica essencialmente "do pai".
c)
Tendências sociais costumam rotular o homem de racional e a mulher de emotiva. Os rótulos interferem na auto-imagem do sujeito, que tende a seguir a maré e se comportar como o rótulo "pinta". Portanto, coisas como "Jesus te ama!" ou "deus está vendo, viu?" interferem mais nas mulheres que nos homens, enquanto a análise fria da situação interfere mais nos homens.
O que eu concluo é que as interferências das religiões paterna e materna são mais equilibradas no homem, enquanto a mulher tendem mais a seguir a crença da mãe. E, devido aos rótulos, uma crença mais racional (ou bem embromada) surtirá mais efeito nos homens que nas mulheres, sendo que nestas as crenças mais efetivas serão as "bonitinhas".
Seria interessante verificar/refutar isso com dados... alguém tem alguma pesquisa do tipo?
O engraçado é que, parando pra pensar, eu segui bem mais as crenças da minha mãe que as do meu pai... minha mãe é "panteísta do fast-food místico e pseudocientífico", enquanto meu pai era católico tradicional.