Deixe-me tentar... Ontologia é o estudo das "coisas": o que são as coisas em si, os fenômenos e etic.; tudo isso faz parte da ontologia. Ela é um dos braços da metafísica, que estuda as coisas que não estão presentes no mundo físico (a palavra em si foi atribuida pela categorização dos livros de Aristóteles como aqueles que tratavam de coisas "além-da-física" (meta = além + physis = natureza)). É a metafísica - e não a ontologia - que trata de temas como liberdade, eternidade da alma, existência de Deus e assuntos nessa linha.
Nos tempos clássicos a metafísica era uma mistura de epistemologia, cosmogonia, ontologia e teologia, por isso o problema para distinguir uma da outra. A metafísica de Aristóteles continha a ontologia, assim como a de platão, de parmênides... enfim. Agora, cada vez mais, essas áreas foram se separando. Agora eu colocaria que a metafísica trabalha com conceitos "não-físicos" ou relacionado de algum modo com o sobrenatural, enquanto a ontologia se tornou a investigação da coisa-em-si e do fenômeno, ou do ser e do ente, se você assim preferir.
Ano passado recebi um texto da professora que tratava dos conceitos básicos da filosofia, mas, infelizmente, ele se perdeu na troca de e-mails de grupo. Vou olhar mais atentamente mais tarde, aí, se encontrar, eu coloco o link aqui ou te mando por PM.