Ah, depois tentativa mudar para a tabela InnoDB (aqui é tipo tabela MyISAM em padrão), não deu certo e a problema era pesquisa sem indexação, sem indexação os processadores subiam em ocupados (4 processadores em 100% uso) e o fórum ficava ocupado como aguardando respostas e demorava muito como vocês sentiram...
A partir isto, só coloquei o motor de pesquisa, demorou tanto processar mais de 500.000 posts e tópicos para processar fulltext e ela deu mais consumo espaço de disco, uns 40%. Mais não há motivo preocupar. E só isso.