O pressuposto inflexível não tem nada a ver com a existência ou inexistência de deuses, é quase que somente uma questão de possibilidades lógica, de definição.
Se a vida existe, e se supõe que não tenha existido eternamente, então sua origem tem que ter ocorrido.
As possibilidades para origem da vida poderiam ser classificadas grosseiramente ou em abiogênese (origem a partir de algo não vivo), ou "do-nada-gênese", formas de vida vindo "do nada" à existência, não da transformação de algo não vivo.
Não existe qualquer hipótese científica que considere o segundo caso, e nem mesmo a interpretação literal do gênesis se enquadra aí, pois os seres foram feitos pelas terras e pelas águas, ou, no caso de Adão, moldado do barro.
Obviamente, essa "abiogênese bíblica" não é algo que receba qualquer consideração científica, então restam as teorias que pressupoem uma origem bem menos fantástica da vida, passando tão gradualmente possível de "reações químicas" por "coisas que parecem meio que vírus num ambiente adequado em tubo de ensaio", "vírus que se aproveitam e manipulam aquelas vesículas que se originam espontaneamente", até algo que lembrasse ainda mais uma célula propriamente dita, com quaisquer diferenças que pudesse ter das formas de vida hoje existentes.
E, da mesma forma que qualquer um pode aceitar qualquer mecanismo ou evento histórico natural mais "trivial" (erupções vulcânicas, chuvas, raios, gravidade, eletricidade, calor, doenças, desenvolvimento embriológico, etc) em vez de um "mecanismo-marionete divina" sem que isso tenha a ver com um "pressuposto inflexível" do ateísmo (sem mesmo que a pessoa sequer seja ateísta), isso não tem nada a ver com existência ou inexistência de deuses, só da rejeição de uma interpretação literal do gênesis (valendo para mitos de criação em geral, que eu saiba), que não é algo que pareça minimamente plausível por tudo que se conhece.
De qualquer forma, apesar dessa independência das questões, eu ainda não sou lá muito flexível a idéia de algum deus ou algo parecido. Um "deus", em qualquer sentido minimamente significativo (isso é, algo para que faça mais sentido se usar o termo do que meramente "soma das leis da física"), é no mínimo alguma espécie uma mente, com seus pensamentos, intenções, etc, além de considerável poder sobre o universo, ou boa parte dele, ou ao menos, as nossas redondezas por aqui.
Pode-se imaginar essa mente em basicamente três formas, e eu não considero nenhma delas convincente, ou mesma digna de séria consideração sobre sua possível existência. A primeira, e menos digna de consideração, é na forma de um deus bem antropomórfico, um cara gigante sentado num trono numa nuvem. Outra seria "deuses astronautas", que quase que deixam de merecer o nome "deuses", a menos que com aspas.
A última, talvez mais considerada pelos teístas, é algo bem mais misterioso, uma espécie de "consciência pura" que de alguma forma permeia o universo, e tem tremendo poder sobre ele (apesar de parecer ser bastante omisso); quase como se uma mente fosse uma espécie de princípio irredutível da física, em vez de uma propriedade emergente de um sistema físico (como um cérebro). Talvez hajam alguns que ainda considerem que seja sim, algo mais análogo a uma mente em um cérebro, produto de leis físicas, em vez de algo totalmente alheio a elas, e ainda assim, existente, e capaz de interagir com elas. Que de alguma forma, o espaço e o tempo têm uma consciência, pensamentos, desejos, etc.
"Deuses astronautas", ainda que se encontrem mais solidamente dentro do reino das possibilidades conhecidas, não são algo do qual se tenha evidências, o caso a favor deles é apenas livre-associação; nem parecem ser uma hipótese realmente "tentadora", algo que fosse necessário ou mesmo desse uma explicação muito mais satisfatória sobre algumas coisas, justificando cogitar mais seriamente essa possibilidade, apesar da falta de evidências.
Uma mente superpoderosa com alguma base física, mas ainda totalmente incógnita, já é algo bem mais problemático (por não serem só caras com cérebros e tecnologia 100.000 anos a frente da nossa), e ainda sofre dos mesmos problemas de falta de evidência e não ser algo "necessário". Uma mente superpoderosa de alguma forma alheia a física é ainda mais complicado, mais extraordinário. Que diabos "é" algo que "não existe" físicamente, e ainda assim, existe? E etc. Questões e mais questões sobre uma modalidade totalmente "nova" de existência.
Eu não pretendo sugerir que se saiba o suficiente para se poder descartar completamente e existência de algo nas duas últimas situações, ou até mesmo deuses astronautas. Apenas não vejo sentido em considerar coisas nesse nível de incerteza, o que não se aplica apenas a "deus", mas a inúmeras outras coisas "menores", que poderíamos simplesmente inventar.