A teoria de que os pássaros evoluíram dos dinossauros sempre foi posta em dúvida por causa da ausência de penas em espécies mais antigas do que o Archaeopteryx.
O que é um tremendo exagero na verdade. Um só caractere contra todos os outros (salvo alguma exceção bem espcial) não faz realmente toda essa diferença, é quase como duvidar do parentesco de gente com testes de ADN comprovando por causa de sotaques diferentes ou falta de fotos dos avós. Realmente o mais interessante é um registro mais completo e bem linear, mas não é uma necessidade para comprovação do parentesco.
Quando eu penso nisso, sempre fico meio estarrecido com a tremenda sorte que temos de termos surgido como espécie inteligente, capaz de entender a evolução, relativamente cedo e antes de mudanças mais "malucas" na evolução da vida na terra - extinções em massa fazendo que a radiação adaptativa a partir de poucos sobreviventes eventualmente dê origem a faunas e floras cada vez mais sem relação aparente - acompanhadas de reviravoltas geológicas, erosão e metamorfismo, embaralhando as peças do quebra-cabeça de forma que poderia ser virtualmente impossível de ser remontada.
A nossa situação é na verdade muito mais cômoda, quase como abrir uma caixa de quebra-cabeças, que tem na parte de cima a figura como deve ser depois de montada, e se deparar com elas quase completamente montadas, só uma ou outra fora do lugar. E ainda assim existem os literalistas bíblicos negando a realidade. É incrível.
Fora isso, um tipo de escamas dos crocodilos - os animais vivos mais aparentados com as aves - guardam alguma homologia com as penas. As penas se desenvolvem de tecido, folículos ou algum outro estágio, que viria a ser uma escama dessas, e o processo pode ser ligado e desligado nas aves, fazer crescer penas em vez de escamas nas patas. Não sei se já fizeram crescer escamas em vez de penas em alguma outra parte do corpo. Seria interessante ver isso, bem como tentar ativar "penas" no desenvolvimento de crocodilos só para ver no que dá. Não se desenvolveriam penas, mas seria interessante saber o que aquilo que desengata o desenvolvimento de penas em vez de escamas talvez já fizesse por default, e que pudesse ser um precursor.