Não sei como é o sistema da Unifesp, mas aqui na UFRGS (que também é federal) é assim: 30% de todas as vagas vão para as cotas, e desses 30%, 50% para egresso de escola pública e os outros 50% para negros de escola pública.
Todos concorrem no sistema universal e todos precisam passar pela nota de corte (30% das questões objetivas e não zerar nenhuma prova). E, por exemplo, se um curso dispõe de 80 vagas, apenas os 320 primeiros (4x o número de vagas) vão para a classificação final. Mesmo que se consiga passar pela nota de corte e não ficar entre os "Top 4x número de vagas", está fora. Depois desse sistema de "peneira", começa a se classificar os candidatos, por ordem de maior score. Mesmo um cotista pode passar tranquilamente sem precisar da ajuda, basta obter um score entre os 70% primeiros colocados. Classificados os melhores, ocupando 70% das vagas, começa a seleção pelos cotistas de escola pública e após a nota mais baixa destes, entram os cotistas negros.
Me parece que a UFRGS conseguiu balancear bem o "sistema de cotas x meritocracia". O ideal seria não ter cotas, mas já tendo, esse é um sistema mais equilibrado.