Bem, já que ressucitaram a questão...
Como sou novo por aqui, apenas registrando minhas posições (comentários de Biólogos seriam bem-vindos):
Como sabem, um dos problemas associados às pseudo-controvérsias em relação à teoria de evolução é que ela é apenas isto: uma "teoria". Nada mais distante da realidade. Quem argumenta deste modo simplesmente não sabe o que é uma teoria científica, e não sabe que o "teoria" da teoria da evolução tem o mesmíssimo sentido que "teoria" em "teoria da gravitação", "teoria eletromagnética", "teoria cinética dos gases", "teoria da relatividade", "teoria quântica", etc. Infelizmente, um simples problema de verbete (a escolha do errado) está por de trás de tantas frivolidades subjetivas propaladas aos quatro cantos.
Mas vamos ao que interessa:
Embora a epistemologia científica seja um campo de disputas filosóficas com vasto material publicado a cada ano, pode-se traçar um esboço de características ubíquas: uma teoria científica, em geral, deve ser passível de refutação (Popper). Para isso, tanto quanto possível, uma teoria deve ter uma correlação empírica, ou seja, deve denotar elementos passíveis de verificação junto à natureza. Uma teoria, ainda, e em geral, deve ser preditiva, o que é uma consequência da refutabilidade (Popper) e uma extensão natural de seu poder heurístico (Lakatos). Um aspecto menos discutido é justamente sua heurística, aportada pelo que genericamente se denomina de "lei" ou "leis".
No caso específico da Teoria da Evolução, poderíamos citar as seguintes exemplificações:
Evolução PODE ser refutada. Fósseis de coelho no pré-cambriano traria grandes problemas à teoria.
Evolução não só pode como TEM estudos empíricos. Pesquisem sobre Anthony Herrel e os lagartos das ilhas Pod Kopiste e Pod Mrcaru, sobre Richard Lenski e o cultivo da bactéria Escherichia coli, e John Endler e os peixes lebistes.
Evolução TEM leis: como a de que a árvore filogenética via mapeamento genético implica em uma relação de parentesco entre TODOS os animais conhecidos, tornando-se uma lei no mesmo sentido da física, ou até mesmo mais! Afinal as leis físicas são contextuais, ou seja, as Leis de Newton não dão conta de situações relativísticas, mesmo sendo corretas em seu âmbito clássico. Já aquela (relação de parentesco) não possui exceção conhecida, e se aplica a tudo o que é conhecido.
Evolução é PREDITIVA em diversas situações, como a previsão da existência da Mariposa Falcão de Darwin, predita antes de ser "descoberta", a partir das relações entre o probóscide do animal e a estrutura de orquídeas específicas polinizadas exclusivamente por aquele.
Bem, isto é só um ponto de partida para quem quiser discorrer a respeito. O que simplesmente aponto é: a Teoria da Evolução, de fato, é apenas uma teoria...
uma teoria absolutamente científica, de heurística inigualável, e um programa de pesquisa sem rivais sérios.