A última capitalização do BNDES no valor de 100 bilhões de reais, feita entre 2.008 e 2.009, ocorreu com aporte do dinheiro do Tesouro que vendeu títulos públicos remunerando-os a uma taxa de 10,75% ao ano e repassou o dinheiro ao BNDES cobrando deste 6,00% ao ano. Esta diferença de 4,75% ao ano custará, em 2.010, o valor de R$ 10 bilhões de reais. Em certas operações o BNDES pode repassar o dinheiro que recebeu a um juro menor ainda, porque há uma previsão legal para isto.
Em outras palavras, certamente haverá um custo fiscal (Tesouro Nacional) e poderá haver um custo orçamentário (BNDES). Em qualquer um deles quem pagará a conta final será a sociedade, via impostos.