Não tenho muita opinião formada no assunto, mas quem defende a entrada disso na medicina pública alega que os transexuais não é meramente "vontade de trocar de lado", mas como se a pessoa tivesse nascido no corpo errado. Seria também um pouco da mesma ideia da cirurgia plástica reconstrutiva se entendi direito.
O que posso dizer de minha opinião, é que, se a cirurgia é cara, acho que seria melhor direcionar esse recuro primeiro para procedimentos de mais urgência que salvem mais vidas de forma mais barata. Mas isso é para qualquer procedimento. Dando um exemplo de por exemplo, transplantes. Se os recursos são limitados, e pode salvar uma pessoa com transplante ou 100 com remédios pra hipertensão, caso tenha dinheiro pra tudo, ótimo, mas caso não, para cada transplante que for feito é deixado de comprar remédios para 100 hipertensos.