Acho difícil pensar numa civilização que tivesse começado já sem a ideia do sobrenatural. A superstição, o folclore, a mitologia, a religião são tão universais que parecem ser um componente obrigatório da cultura, talvez seja um subproduto de uma função essencial dos nossos cérebros e fundamental ao ser humano.
Assim, acho que não seria possível haver culturas que começassem sem essas crenças desde o seu início. O que pode haver talvez, são culturas que tenham perdido a religião e a superstição com o tempo, e isso eu acredito que não apenas possa acontecer, como que já está acontecendo em muitos lugares do mundo, sobretudo no norte da Europa.
Veja que antigamente (e em algumas culturas até atualmente) a religião dominava todos os setoes da sociedade: a religião exercia e legitimava o poder político; definia as leis, as normas de conduta ética e a etqueta; ocupava o papel da ciência fornecendo as explicações para a origem do universo e a razão das coisas; era a inspiração da arte e era a guardiã da "espiritualidade". Hoje as democracias ocidentais exorcizaram a religião de quase todas as áreas: o governo é laico, a ética é assunto da filosofia (embora muitas pessoas ainda relutem em adimitir que exista ética fora da religião), a ciência está separada da fé, a religião deixou há muito tempo de ser o principal tema da arte e hoje a arte sacra parece praticamente extinta. Só o que lhe restou, foi a espiritualidade, mas até isso ela corre o risco de perder, pois não faltam propostas de "espiritualidade secular".
Confirmada a tendência, podemos estar caminhando para uma sociedade não irreligiosa, mas pós-religiosa; onde a religião não seja mais necessária para nada. O que essa sociedade teria de diferente em relação à nossa? Ela substituiria a religião por coisas mais especializadas e mais bem fundamentadas. Talvez vivêssemos numa sociedade mais liberal, sem tantos tabus. Isso teria um impacto tremendo nos direitos individuais e aceitaríamos uma diversidade muito maior de comportamentos, a sociedade seria menos homogênea e mais tolerante. A ciência avançaria num ritmo quase igual, exceto pela biotecnologia, o ramo da ciência que mais é atrapalhado por tabus, que poderia disparar.