Eu não li os artigos ainda, só o post do pharyngula.
No que diz respeito a explicação do mecanismo todo, meu palpite/visão geral da coisa sem ter pesquisado muito a respeito é que seja (como já li alguma vez) inicialmente uma modificação nos sucos digestórios a partir da saliva. A partir disso, não é tão "sem sentido" ou ineficiente a inoculação de veneno na parte de trás da boca, se enxergarmos isso não como uma inoculação de veneno, mas uma excentricidade do processo de digestão desses animais, uma forma de acelerar a digestão daquilo que está sendo engolido/"mastigado".
Possivelmente as presas das cobras em alguns casos ainda conseguem escapar mesmo estando nessa posição, prestes a serem engolidas. Aí já começa a surtir um efeito de peçonha daquilo que inicialmente era um processo digestivo. Mesmo que isso não seja significativo, variações no posicionamento anterior/posterior desses dentes embriologicamente posteriores criam essa situação.
Há muitos mais detalhes que eu desconheço, simplesmente não li o bastante, talvez seja mais conhecido, talvez não se tenha muita idéia. De qualquer forma, não é necessário se observar a diretamente a evolução entre esses tipos de adaptação, da mesma forma que não é necessário se observar toda a evolução das raças caninas ou humanas. Há outras coisas que denunciam o parentesco biológico, e não é na maioria das vezes possível "voltar a fita" e dar "replay" nas espécies para se observar a evolução in vivo/ao vivo dessa forma. O mais próximo consiste em se encontrar esses estágios intermediários de alguma adaptação, e estudá-los mais minuciosamente, como no caso do artigo citado no post do blog. Fósseis também podem de vez em quando ajudar.
Essa é uma limitação inerente a natureza do que é observado, e não muda o fato de que a evolução das espécies através de mecanismos naturais, não mágicos, de variações hereditárias e divergência entre populações, é o único mecanismo plausível conhecido.
E, ainda que não se possa ter sempre certeza sobre a evolução de coisas como o sistema de inoculação de veneno nas presas das cobras, toda a complexa relação e adaptações que produzem a leishmaniose, etc, é possível ainda saber com certeza que os seres todos descendem de um ancestral comum universal -- mais ou menos da mesma forma que poderíamos traçar uma vasta genealogia de pessoas, sem no entanto saber como e porque elas migraram de lugar para lugar, como viveram, e etc. Não saber exatamente esses detalhes não enfraquece o parentesco biológico entre essas pessoas, e mesmo incertezas entre esses parentescos não são suficientes para se postular a origem de algumas pessoas ou famílias "do nada".