Eu acho perfeitamente comum. Não apenas com religião, aliás... viés político, paixões clubísticas, filosofias de vida diferentes; tudo isso pode impactar de maneira negativa num relacionamento. Depende de quanto cada um está disposto a tolerar -- ou simplesmente ignorar -- em nome da convivência. De forma geral, se os dois tem posições divergentes muito apaixonadas e se os atritos são comuns acaba dando em separação, mesmo.
O que, aliás, acho perfeitamente normal também.