Tópico: DNA Lixo e Teoria da Informação

[Feliperj]

Ola Pessoal,

Recentemente li o livro "Decodificando o Universo". Neste livro o atuor trata de como a teoria da informação está revolucionando o nosso entendimento do universo (achei bom o livro).

Ele dedica um capítulo a questão da redundância na infromação, mostrando através de exemplos que uma "msg" poderia ser reduzida, eliminando-se redundâncias (que é o que fazem os programas compactadores)

Porém, pelo que entendi, para isto ser feito, deve haver um contexto, para que se possa eliminar as redundâncias.

Ou seja, cria-se algum alfabeto/linguagem, um "texto" e, somente depois identificamos, com base no que já sabemos sobre o alfabeto/linguagem e contexto, as redundâncias e às eliminamos. Pelo que entendi, as redundâncias só aparecem a posteriori.

Pensei nisso com relação ao DNA lixo. Ou seja, foi necessário para codificar os seres ("apareceu no texto"), mas "pode" ser eliminado.

Existe algum trabalho relacionando o DNA lixo com teoria da informação ? Isto seria mais uma evidência pró-evolução, ou a redundância não pode nos dizer nada, dado que, nossos próprios códigos, criados intencionalmente, são, tb, redundantes ?

Outra coisa : o DNA lixo marca distâncias entre as partes que geram algo, no DNA. Isto tem alguma função como a de garantir que tudo seja produzido na sequência certa, no local certo, no momento certo, a uma velocidade exata, dada a complexidade e sitonia fina que, acho eu, está presente nos organismos ?

ps : ja li que existe cancer que é causado justamente por esta parte do DNA - não sei se procede - o que não o tornaria tão inócuo assim.

Abs
Felipe

[Feliperj]

Pessoal da Moderação,

Acabei postando no local errado. Podem mudar para evolução ?

Abs
Felipe

[Buckaroo Banzai]

Não sei patavinas de teoria da informação, mas acho que DNA lixo não se enquadra como uma redundância de código (cujo mais análogo seria a redundância no código genético em si, mais de um códon codificando o mesmo aminoácido, e nem tanto seqüencias redundantes).

O que acontece são apenas erros de cópia no DNA, que podem fazer com que seja produzido lixo ou "sucata", ou sucatear partes não imprescindíveis para a existência de um organismo -- mas a "mensagem" aqui acabaria tendo sido modificada, não foi uma "compactação".

[Feliperj]

Gde Bukaro!!!

Acho q redundância não significa duplicação da informação. Qdo falei, estava pensando em um exemplo de um texto (acho q o autor da um exemplo assim, no livro).

Por exemplo : podemos escrever um texto inteiro e, após, retirar muitas letras, mas manter a informação (é claro que vai sempre existir um mínimo, onde o próprio contexto e a informação contida se perde). Não é que a informação "a mais" seja "duplicada", somente desnecessária.

Pr exeplo : pdmos screver um teto intero e, após, rtirar mutas letas, mas mater a ifomação.....

Se continuarmos, além do mínimo, temos a perda total da informação:

p e : p s u t i e,a, r m l, m m a i.

Abs
Felipe

[Buckaroo Banzai]

Bem, o que eu disse é que o DNA lixo não é análogo a letras  ou palavras que se pode tirar e ainda assim se entender.

Seria mais como trechos inteiros sem sentido, sem nem palavras, colocados lá por algum acidente ao digitar.




...teve um trecho que eu pulei do seu post, não li, "o DNA lixo marca distâncias entre as partes que geram algo, no DNA. Isto tem alguma função como a de garantir que tudo seja produzido na sequência certa, no local certo, no momento certo, a uma velocidade exata, dada a complexidade e sitonia fina que, acho eu, está presente nos organismos ?"

Isso são íntrons e éxons, e apesar de não serem codificantes, tem essa função. Não é exatamente correto o rótulo de "lixo" para esse tipo de DNA não-codificante. Acho que mesmo o resto pode acabar tendo uma função meio análoga a essa, influenciando na estrutura tridimensional das moléculas de DNA, mas sendo algo bastante diferente desses.

Analogia: exons e íntrons são como folhas introdutórias separando capítulos de um livro, ou capas e contra-capas dos livros, e o resto do DNA lixo, ou o DNA lixo "mesmo" é um pouco com livros inteiros colocados entre prateleiras de uma estante servindo como apoio estrutural:





DNA lixo pode ser visto sim como "evidência da evolução", mas é um pouco meio como se falar em um meio de observar uma sombra projetada pela Terra no lixo espacial ser "evidência de que a Terra é redonda". Isso é, já deveriam todos estar carecas de saber que a evolução é real, e logo não seria exatamente inesperado que pudesse haver DNA sendo copiado mesmo sem servir para nada (ou tendo funções estruturais meio toscas e incidentais), contanto que não seja também uma tralha que atrapalha na reprodução do organismo. Não sei se para alguém que ainda tivesse dúvidas disso isso seria lá muito significativo, até porque podem (como sempre fazem) ficar insistindo em que apenas não conhecemos as funções, e citar coisas como os íntrons, éxons e seqüências reguladoras ou estruturais como exemplos de "erro" da noção de DNA lixo.

[ANDREWaim]

Antes do genoma pensava-se em cerca de 300 mil genes para o homem. Hoje já se fala em menos de 25 mil.
Os geneticistas entendiam que gene era apenas o pedaço de DNA que codificava uma proteína e que o resto era o tal "DNA lixo".

Há "apenas" ~25 mil genes para ~3.200.000.000 pares de bases (4% do total)! Assim, genes mesmo são poucos o resto todo é "DNA lixo"... Com o genoma, agora se diz que o DNA outrora Lixo é que regula a interação entre os genes... Ou seja, muita informação deixou de ser pesquisada por julgamento prévio errôneo. Estes e alguns outros pontos entravaram a tão prometida terapia genética*. ACHO QUE a informação no DNA lixo pode ser importante para esclarecer dúvidas do tipo: como a pulga d'água pode ter 31 mil genes se o homem tem 8 mil menos?

Diante disto, EU ACREDITO p. ex. que dizer que um determinado animal possui 9x,y % do DNA semelhante ao do homem pode implicar em más interpretações. Ainda falta muito conhecimento sobre o DNA para se tirar qualquer conclusão precipitada.


* Entrave à terapia genética (além do fato de ter-se desconsiderado desde "sempre" a função de regulação dos genes pelo DNA lixo por puro achismo) - Não basta saber onde estão os genes e realizar o proteoma sem considerar as interações entre os genes (isto ocorre e podem p.ex. alterar a função de uma célula); sem levar em conta que um mesmo gene pode produzir mais de um tipo de proteína; sem saber como o sistema imunológico pode agir sobre os cromossomos (ativando e desativando combinações de DNA); sem saber como proteínas podem assumir novas funções de acordo com a interação com o ambiente e o envelhecimento do fulano (onde tais proteínas acabam não recebendo "ordens" dos genes para tal).   
 

Não sei se para alguém que ainda tivesse dúvidas disso isso seria lá muito significativo, até porque podem (como sempre fazem) ficar insistindo em que apenas não conhecemos as funções, e citar coisas como os íntrons, éxons e seqüências reguladoras ou estruturais como exemplos de "erro" da noção de DNA lixo.

[Feliperj]

Ola Buckaroo,

Só para uinformizar, qdo falei em evidências da evolução, estava falando da Teoria que explica a Evolução, não do fato.

Li rapidamente seu texto, mas vi que tem bastante info para eu pesquisar.

Com relação a analogia, considerei válida, pois em outro forum, um participante falou que já tinham sido feitas experiências com "animais", onde toda uma sequência ou toda a parte não codificadora havia sido retirada, e o animal continuou viável. Ou seja, retiraram algumas letras, e mantiveram a informação.

Andrew, uma d´vida, qdo falamos em similaridade do DNA, estamos nos referindo a qual parte ? Ao total ?

ABs
Felipe

[Buckaroo Banzai]

Tem um cara que coloca uma questão parecida com essa do número diferente de genes entre algumas espécies no que ele chama de "teste da cebola para teoria funcional do DNA lixo":

Tradução-resumo: se você tem uma teoria para uma função universal do "DNA-lixo", um jeito bom de checar se faz sentido é se perguntar se ela pode responder por que a cebola tem cerca de cinco vezes mais disso que o ser humano.

 

The onion test.
by T. Ryan Gregory, on April 25th, 2007
I am not sure how official this is, but here is a term I would like to coin right here on my blog: “The onion test”.

The onion test is a simple reality check for anyone who thinks they have come up with a universal function for non-coding DNA¹. Whatever your proposed function, ask yourself this question: Can I explain why an onion needs about five times more non-coding DNA for this function than a human?

                               

The onion, Allium cepa, is a diploid (2n = 16) plant with a haploid genome size of about 17 pg. Human, Homo sapiens, is a diploid (2n = 46) animal with a haploid genome size of about 3.5 pg. This comparison is chosen more or less arbitrarily (there are far bigger genomes than onion, and far smaller ones than human), but it makes the problem of universal function for non-coding DNA clear².

Further, if you think perhaps onions are somehow special, consider that members of the genus Allium range in genome size from 7 pg to 31.5 pg. So why can A. altyncolicum make do with one fifth as much regulation, structural maintenance, protection against mutagens, or [insert preferred universal function] as A. ursinum?

There you have it. The onion test. To be applied to any ambitious claims that a universal function has been found for non-coding DNA.
____________

1 I do not endorse the use of the term “junk DNA”, which I think has deviated far too much from its original meaning and is now little more than a loaded buzzword; the descriptive term “non-coding DNA” is what I use to refer to the majority of eukaryotic sequences (of various types) that do not encode protein products.

2 Some non-coding DNA certainly has a function at the organismal level, but this does not justify a huge leap from “this bit of non-coding DNA [usually less than 5% of the genome] is functional” to “ergo, all non-coding DNA is functional”.


http://www.genomicron.evolverzone.com/2007/04/onion-test/

[Buckaroo Banzai]

Ola Buckaroo,

Só para uinformizar, qdo falei em evidências da evolução, estava falando da Teoria que explica a Evolução, não do fato.

Li rapidamente seu texto, mas vi que tem bastante info para eu pesquisar.

Com relação a analogia, considerei válida, pois em outro forum, um participante falou que já tinham sido feitas experiências com "animais", onde toda uma sequência ou toda a parte não codificadora havia sido retirada, e o animal continuou viável. Ou seja, retiraram algumas letras, e mantiveram a informação.

Mesmo para a teoria já aceitando evolução como fato, não haveria nenhuma "concorrente" existente significativa nesse aspecto, a não ser por talvez hipóteses bem menores e mais específicas sobre o DNA lixo.

Em camundongos, tirou-se 4% de um "DNA lixo" que especulava-se poder ser altamente importante -- por sua elevada preservação filogenética -- e não houve qualquer problema aparente com o animal/animais. Eu não entendo como isso não deu uma reviravolta nos argumentos criacionistas usando esse elemento, "a taxa de mutação mais o DNA lixo conservado provam uma Terra  jovem"

[ANDREWaim]

Tem um cara que coloca uma questão parecida com essa do número diferente de genes entre algumas espécies no que ele chama de "teste da cebola para teoria funcional do DNA lixo":

Tradução-resumo: se você tem uma teoria para uma função universal do "DNA-lixo", um jeito bom de checar se faz sentido é se perguntar se ela pode responder por que a cebola tem cerca de cinco vezes mais disso que o ser humano.

 

The onion test.
by T. Ryan Gregory, on April 25th, 2007
I am not sure how official this is, but here is a term I would like to coin right here on my blog: “The onion test”.

The onion test is a simple reality check for anyone who thinks they have come up with a universal function for non-coding DNA¹. Whatever your proposed function, ask yourself this question: Can I explain why an onion needs about five times more non-coding DNA for this function than a human?

                               

The onion, Allium cepa, is a diploid (2n = 16) plant with a haploid genome size of about 17 pg. Human, Homo sapiens, is a diploid (2n = 46) animal with a haploid genome size of about 3.5 pg. This comparison is chosen more or less arbitrarily (there are far bigger genomes than onion, and far smaller ones than human), but it makes the problem of universal function for non-coding DNA clear².

Further, if you think perhaps onions are somehow special, consider that members of the genus Allium range in genome size from 7 pg to 31.5 pg. So why can A. altyncolicum make do with one fifth as much regulation, structural maintenance, protection against mutagens, or [insert preferred universal function] as A. ursinum?

There you have it. The onion test. To be applied to any ambitious claims that a universal function has been found for non-coding DNA.
____________

1 I do not endorse the use of the term “junk DNA”, which I think has deviated far too much from its original meaning and is now little more than a loaded buzzword; the descriptive term “non-coding DNA” is what I use to refer to the majority of eukaryotic sequences (of various types) that do not encode protein products.

2 Some non-coding DNA certainly has a function at the organismal level, but this does not justify a huge leap from “this bit of non-coding DNA [usually less than 5% of the genome] is functional” to “ergo, all non-coding DNA is functional”.


http://www.genomicron.evolverzone.com/2007/04/onion-test/

E se "retirásse-mos" boa parte dos 96% de DNA lixo do homem? será que teríamos um "viável"?
ACREDITO que falta informação para se chegar a alguma conclusão sobre tudo isto.
Temos o proteoma da cebola e do homem? sabemos como o processo todo funciona? Como os geneticistas fazem para retirar precisamente o DNA lixo da cebola e quais os procedimento de controle?

[aula de biologia com a D. Nilza no colegial]
Já viram células de cebola? e tão fácil extrair ADN delas...
[/aula de biologia com a D. Nilza no colegial]

[Buckaroo Banzai]

Antes do genoma pensava-se em cerca de 300 mil genes para o homem. Hoje já se fala em menos de 25 mil.
Os geneticistas entendiam que gene era apenas o pedaço de DNA que codificava uma proteína e que o resto era o tal "DNA lixo".

Há "apenas" ~25 mil genes para ~3.200.000.000 pares de bases (4% do total)! Assim, genes mesmo são poucos o resto todo é "DNA lixo"... Com o genoma, agora se diz que o DNA outrora Lixo é que regula a interação entre os genes... Ou seja, muita informação deixou de ser pesquisada por julgamento prévio errôneo. Estes e alguns outros pontos entravaram a tão prometida terapia genética

Isso nunca aconteceu.

O "DNA lixo" não foi todo categoricamente decretado como tal e abandonado pelos pesquisadores. Desde a primeira vez que alguém usou o termo, postulando a idéia de pseudogenes para explicar a diferença de DNA contrária ao que se poderia esperar por uma correlação com complexidade do organismo, houve quem contestasse, dizendo que algo assim seria eliminado por seleção natural. Nada inesperado, sendo que houve até quem dissesse que códons sinônimos não seriam sinônimos de verdade. E mesmo dentre aqueles que o colocavam como lixo, haviam ressalvas como que "ser lixo não significa ser totalmente inútil" (em inglês, "junk DNA", é "ADN sucata", não "lixo"; diferença vernacular que altera um pouco na qualidade de oxímoro gritante que a frase traduzida pode ter para os menos ativamente ligados à reciclagem). 

[Feliperj]

Ola Buckaroo,

O que pensei sobre o "DNA lixo", foi o seguinte :

Imagine que a figura abaixo seja o DNA (uma fita - ou um RNA), onde os x (fazendo analogia com uma planta de produção, os x seriam  as unidades de produção) são as partes ativas e y os "marcadores" e os - o "lixo":

----------yxxxx--x--------yxxxyx---------xy------xxxx-xx-x-xxxyx-x--xyyxx--xx-x-x-x-x-x-xxxxxx-----------------xxxx---------x

Para "fabricar" o organismo, os ribossomos (são eles mesmo? o q estou falando e baseado em minha memória já tosca, do 2o. grau:)) tem que fazer a leitura desta sequência.

Para simplificar, vamos imaginar um ribossomo fazendo a leitura da esquerda para a direita. Este ribossomo tem que percorrer as distâncias demarcadas pelos intervalos não codificantes, além de "obedecer" os marcadores. Este fato irá interfeir tanto na "disposição" do que está sendo produzido (pois existe uma distância física envolvida), qto na sua velocidade e, neste caso, sequênciamento de produção.

Lembrando a analogia de que os gens são como uma receita de bolo, e não uma planta, esta disposição poderia influenciar na "mistura exata dos ingredientes", dada a velocidade de leitura, a sequência e a posição onde estes produtos seriam "lançados" no meio celular, influenciando na ´prórpia estrurura celular, assim como no seu funcionamento. Neste sentido, é que falei em atuar sobre a sintonia fina.

Não lembro como o processo ocorre, mas mesmo para vários ribossomos fazendo a leitura ao mesmo tempo, teríamos um tempo para o início e o fim da leitura das partes codificantes (além da prórpia disposição dos ribossomos, com relação a fita do DNA - partes codificantes), além da questão do posicionamento dos "produtos" no meio celular, o que ainda levaria a uma influência na estrutura e no funcionamento.

Não sei se todos em todos os seres os ribossomos possuem uma mesma velocidade de leitura. Mesmo não tendo a mesma velocidade, uma maior ou menor qde de lixo (o que acarretaria uma maior ou menor distância entre as "unidades de produção") influenciaria tanto a estrutura, qto o funcionamento da célula.

Ps : Por favor, de MUITOS descontos. Isto foi um desenvolvimento de um raciocínio com base, como falei, na minha tosca memória.

Abs
Felipe

[Zen]

Atenção ai gente, porque o DNA de uma célula é o mesmo em todo o corpo, contudo as células são diferenciadas e especializadas. Logo, se elas tem o mesmo código e são ainda assim são diferentes significa que em algumas estão ativos partes do código onde em outras não estão. Todas as proteínas possíveis de serem sintetizadas pelo código também estão ali. Logo o que é DNA lixo em uma célula pode ser apenas DNA não ativo para a função daquela célula. Não quer dizer que não sirva para nada ou que tenha uma função obscura, apenas que não está ativo para aquela diferenciação, para aquela função.

Claro que se espera que informações de nossa ancestralidade por exemplo constem no código genético e que essa por sua vez esteja comumente presente na parte ‘DNA lixo’ da célula uma vez que raramente essa parte do código estará ativa ou desempenhando alguma função como decodificar uma proteína por exemplo.

A extensão disso e suas implicações são hoje pesquisas de ponta, mas cada vez mais a biologia desmistifica o DNA e a informação nele contida. Cada vez menos existem pontos obscuros que dão margem a especulações, logo acho sua linha de raciocínio indo um pouco contra a direção da maré.

[Buckaroo Banzai]

Atenção ai gente, porque o DNA de uma célula é o mesmo em todo o corpo, contudo as células são diferenciadas e especializadas. Logo, se elas tem o mesmo código e são ainda assim são diferentes significa que em algumas estão ativos partes do código onde em outras não estão. Todas as proteínas possíveis de serem sintetizadas pelo código também estão ali. Logo o que é DNA lixo em uma célula pode ser apenas DNA não ativo para a função daquela célula. Não quer dizer que não sirva para nada ou que tenha uma função obscura, apenas que não está ativo para aquela diferenciação, para aquela função.

Duvido muito. Acho altamente improvável que se suponha que parte do DNA lixo o seja apenas por praticamente se ignorar algo tão básico como a diferenciação celular.

Claro que se espera que informações de nossa ancestralidade por exemplo constem no código genético e que essa por sua vez esteja comumente presente na parte ‘DNA lixo’ da célula uma vez que raramente essa parte do código estará ativa ou desempenhando alguma função como decodificar uma proteína por exemplo.

Na verdade é um pouco o contrário, ao menos considerando DNA lixo como lixo "mesmo". Embora a seleção natural diversificadora distorça a informação filogenetica do caractere, algum grau de seleção, conservando, se não me engano, dá melhor "sinal" filogenético do que "DNA lixo", que pode se degradar mais rapidamente, daí havendo até coisas como duas espécies num mesmo gênero terem quantidades bastante diferentes de "lixo". Algo como o que descreve, algo que "raramente" seria o mais adequado, mas não é exatamente isso que se entende por DNA lixo, embora seja um termo mal definido.

[PauloH]

..........
 

[Cumpadi]

Atenção ai gente, porque o DNA de uma célula é o mesmo em todo o corpo, contudo as células são diferenciadas e especializadas. Logo, se elas tem o mesmo código e são ainda assim são diferentes significa que em algumas estão ativos partes do código onde em outras não estão. Todas as proteínas possíveis de serem sintetizadas pelo código também estão ali. Logo o que é DNA lixo em uma célula pode ser apenas DNA não ativo para a função daquela célula. Não quer dizer que não sirva para nada ou que tenha uma função obscura, apenas que não está ativo para aquela diferenciação, para aquela função.

Duvido muito. Acho altamente improvável que se suponha que parte do DNA lixo o seja apenas por praticamente se ignorar algo tão básico como a diferenciação celular.

De fato Buckaroo.

A princípio, acredito que pensaram que o DNA lixo não tinha sequências de iniciação e finalização da tradução. Mas aí viram que RNA tinha função, aí o termo lixo deixou de ser apropriado e devem ter passado a se referir a sequências que não produzem RNA.

Porém, em eucariotos, a maior parte do genoma é transcrito, ou seja, além de funções regularas e estruturais, o DNA "lixo" ainda produz RNAs com funções. Com isso, essa definição fica confusa. Nem vejo esse nome em meu livro de bioquímica, ele chama ao menos uma parte do que consideramos DNA "lixo" de DNA não codante (não codifica proteínas).

Assim, na minha opnião, só se poderia chamar de lixo mesmo genes que produzem RNAs que não tem função, mas é muito difícil dizer quais são. Portanto esse termo é inútil por hora.

[Zen]

Nossa desde maio o assunto não correu muito. Hehehe... Mas voltando ao mérito já que o tópico está por cima...

Só pra frisar a minha afirmação anterior, a diferenciação celular também passa pela evolução, lembrem-se que a origem celular de muitas estruturas diferentes é a mesma, como as penas e escamas de uma galinha por exemplo. Da mesma forma, entre as escamas dos dinossauros e as penas das aves, entre os dentes e dos bicos, etc... Não acho que seja pouca informação.

[Sergiomgbr]

Lixo é mesmo lixo? Quando mais parece que lixo é mesmo lixo, anunciam que seu PC obsoleto tem "ouro", que você pode tirar energia sustentável de gases de decomposição dos elementos de um lixão, sem contar as óbvias possibilidades de se reciclar tudo.

Que palavra é essa, lixo que cada vez vai ficando mais vazia de sentido lato e vai se tornando tão somente um termozinho perjorativo?

Agora pra fazer frente ao termo lixo para falar de DNA, uma nova descoberta, o micro DNA. Será que com isso vão surgir novas abordagens implicando em DNA lixo não ser tão lixo assim?

microDNA

Cientistas identificaram uma nova forma de DNA, largamente presente em organismos multicelulares, inclusive no homem.

Trata-se de um tipo até agora desconhecido de DNA circular extracromossômico, já batizado de microDNA.

A equipe de Yoshiyuki Shibata, da Universidade da Virgínia (EUA), descobriu esta nova entidade de DNA em tecidos de camundongos e em linhagens de células humanas cultivadas em laboratório.

A descoberta foi publicada nesta quinta-feira na revista Science.

DNA mais curto

O microDNA possui de 200 a 400 pares de bases de comprimento.

Isto o torna mais curto do que a maioria dos tipos já conhecidos de DNAs circulares extracromossômicos, ou eccDNA (extra-chromosomal circular DNA).

Os eccDNA, ou plasmídeos, são moléculas circulares de DNA independentes e capazes de se reproduzir independentemente do DNA cromossômico, o DNA "principal".

O recém-descoberto microDNA pertence a esse grupo.

Controle de genes

O microDNA parece ser derivado de sequências genômicas únicas e não repetitivas, que são muito frequentemente localizadas nas regiões associadas com genes específicos.

A maioria dos eccDNA, por outro lado, surge a partir de sequências genéticas repetitivas, elementos genéticos transponíveis ou genomas virais, segundo os pesquisadores.

Esta nova forma de eccDNA também parece vir de regiões do DNA ligadas aos nucleossomos, um conjunto formado por duas espirais de DNA enroladas em torno de uma proteína - a unidade fundamental da cromatina.

Experimentos de laboratório revelaram que a formação deste microDNA conduz frequentemente a deleções em células somáticas e em células ligadas à reprodução.

Fonte

[Pedro Reis]

Ola Pessoal,

Recentemente li o livro "Decodificando o Universo". Neste livro o atuor trata de como a teoria da informação está revolucionando o nosso entendimento do universo (achei bom o livro).

Ele dedica um capítulo a questão da redundância na infromação, mostrando através de exemplos que uma "msg" poderia ser reduzida, eliminando-se redundâncias (que é o que fazem os programas compactadores)

Porém, pelo que entendi, para isto ser feito, deve haver um contexto, para que se possa eliminar as redundâncias.

Ou seja, cria-se algum alfabeto/linguagem, um "texto" e, somente depois identificamos, com base no que já sabemos sobre o alfabeto/linguagem e contexto, as redundâncias e às eliminamos. Pelo que entendi, as redundâncias só aparecem a posteriori.

Pensei nisso com relação ao DNA lixo. Ou seja, foi necessário para codificar os seres ("apareceu no texto"), mas "pode" ser eliminado.

Existe algum trabalho relacionando o DNA lixo com teoria da informação ? Isto seria mais uma evidência pró-evolução, ou a redundância não pode nos dizer nada, dado que, nossos próprios códigos, criados intencionalmente, são, tb, redundantes ?

Outra coisa : o DNA lixo marca distâncias entre as partes que geram algo, no DNA. Isto tem alguma função como a de garantir que tudo seja produzido na sequência certa, no local certo, no momento certo, a uma velocidade exata, dada a complexidade e sitonia fina que, acho eu, está presente nos organismos ?

ps : ja li que existe cancer que é causado justamente por esta parte do DNA - não sei se procede - o que não o tornaria tão inócuo assim.

Abs
Felipe

Nem sempre é necessário considerar o contexto da mensagem. O algoritmo de Huffman é um dos mais utilizados para compressão de arquivos e pode ser usado para comprimir qualquer tipo de arquivo, pois justamente não precisa "entender" o contexto do arquivo, diferentemente de algoritmos mais específicos, como os comumente usados em compressão de áudio e vídeo.

O algoritmo de Huffman é a base para a geração de arquivos zipados.

[Sergiomgbr]

                 Mais um tijolo é demolido na "teoria" do DNA lixo

                                                 Mutações silenciosas

Cientistas demonstraram que uma camada do DNA que vem sendo considerada como redundante há mais de meio século, na verdade contém informações genéticas essenciais.

Jonathan Weissman e seus colegas da Universidade da Califórnia, em São Francisco, usaram uma nova técnica que traça um perfil dos ribossomos, permitindo a mensuração da atividade genética no interior de células vivas.

Essa medição inclui a velocidade com a qual as proteínas são feitas.

Ao medir a taxa de produção de proteínas em bactérias, a equipe descobriu que alterações genéticas ligeiramente diferentes podem ter efeitos dramáticos.

Isto se mostrou verdadeiro até mesmo para mudanças genéticas aparentemente insignificantes, conhecidas como "mutações silenciosas", que trocam uma única letra do DNA, sem alterar o gene resultante.

Para sua surpresa, os cientistas descobriram que essas mudanças podem atrasar o processo de produção de proteínas a um décimo, ou até menos, de sua velocidade normal.

Códons redundantes

A mudança na velocidade de produção das proteínas é causada por informações contidas naquilo que é conhecido hoje como "códons redundantes" - pequenos pedaços de DNA que fazem parte do código genético.

Eles foram chamados de "redundantes" porque se acreditava que continham duplicações do código genético, e não instruções específicas.

Esta nova descoberta desafia meio século de pressupostos fundamentais da biologia.

E também poderá ajudar a acelerar a produção industrial de proteínas, que é crucial para a fabricação de biocombustíveis e medicamentos biológicos utilizados para o tratamento de muitas doenças, do diabetes ao câncer.

"Acreditava-se que o código genético fosse redundante, mas códons redundantes claramente não são idênticos," disse Weissman.

"Nós [ainda] não entendemos muito sobre as regras," acrescentou o pesquisador, mas o novo trabalho sugere que a natureza seleciona entre os códons redundantes com base na velocidade genética, assim como no significado genético.

Esta é a terceira descoberta envolvendo novos níveis de informação no DNA nos últimos anos:

    "DNA lixo" é mais importante do que se pensava
    DNA humano possui superestruturas escondidas
    Cientistas descobrem um novo nível de informação no DNA

Códons do DNA

Toda a vida na Terra baseia-se no armazenamento de informação genética no DNA (ou, no caso de alguns vírus, no RNA), e na expressão desse DNA em proteínas para construir os componentes das células e executar as instruções genéticas de todas as formas de vida.

Cada célula viva, em cada tecido, dentro de cada organismo na Terra, está constantemente expressando genes e traduzindo-os em proteínas, desde o nascimento até o fim da vida. Uma quantidade significativa da energia que queimamos é destinada a alimentar esse processo fundamental.

O código genético é basicamente um conjunto universal de instruções para traduzir o DNA em proteínas.

Os genes do DNA são compostos de quatro tipos de moléculas, conhecidas como bases ou nucleotídeos (representados pelas quatro letras A, G, T e C).

Mas as proteínas são sequências de 20 tipos diferentes de aminoácidos.

Para codificar todos os 20 aminoácidos, o código genético convoca genes a serem expressos pela leitura de grupos de três letras de DNA de cada vez, para cada aminoácido em uma proteína.

Esses trios de letras do DNA são chamados códons.

Mas, como existem 64 formas possíveis de organizar três bases de DNA juntas - e apenas 20 aminoácidos utilizados pela vida - o número de códons excede a demanda. Assim, vários destes 64 códons codificam para o mesmo aminoácido.

Os cientistas têm considerado isto uma redundância nos últimos 50 anos.

Mais recentemente, contudo, conforme mais e mais genomas das mais diversas criaturas são decodificados, os cientistas começaram a verificar que nem todos os códons "redundantes" são iguais.

Muitos organismos têm uma preferência clara para um tipo de códon em relação a outra, embora o resultado final seja o mesmo.

Isto levou à pergunta que esta nova pesquisa agora respondeu: se códons redundantes fazem a mesma coisa, por que a natureza prefere um em vez do outro?   Fonte

[Geotecton]

[...]
Mais recentemente, contudo, conforme mais e mais genomas das mais diversas criaturas são decodificados, os cientistas começaram a verificar que nem todos os códons "redundantes" são iguais.

Muitos organismos têm uma preferência clara para um tipo de códon em relação a outra, embora o resultado final seja o mesmo.

Isto levou à pergunta que esta nova pesquisa agora respondeu: se códons redundantes fazem a mesma coisa, por que a natureza prefere um em vez do outro?

Já estou prevendo mais uma "enxurrada" de crentes desfiando a ladainha de "linguagem codificada só pode ser de origem inteligente sobrenatural".

[Buckaroo Banzai]

Essa própria reportagem já tem esse tom sensacionalista/exagerado/hype.

[Filosofo Superficial]

Cara, vocês jogaram muito pouco Assassins Creed, esse DNA lixo é onde está gravada a vida de nossos ancestrais =P...

Pelo o que eu li, eu não acho o DNA "lixo" seja inútil, a evolução teve Bilhões de Anos para aperfeiçoar a vida, e entre todos os sistemas de guardar informação, o DNA é o mais eficiente já feito, deixar 96% desse HD inutilizado seria o cara ter um HD de 1 Tera e ter medo de instalar tibia pra não encher o HD...

[Enio]

Cara, vocês jogaram muito pouco Assassins Creed, esse DNA lixo é onde está gravada a vida de nossos ancestrais =P...

Rsrsrsrsrsrsrrss... 

Legal!