Eles inventam explicações, sem apresentar mecanismos e sem se basear em estudos experimentais rigorosos, as quais são invariavelmente inconsistentes com o conhecimento científico atual.
Isso porque eles mesmos desconhecem o mecanismo que se dá por detrás destes fenômenos, e por isso na maioria das vezes explicam as coisas com base religiosa (apesar de alguns explicarem por meio da física quântica). Não tem como explicar cientificamente (na maioria das vezes), até por falta de conhecimento científico, ou então pela ciência não ter uma base que possa explicar tais fenômenos de forma aceitável.
Resumindo: dizer "não sabemos o que é a matéria escura" ou "não sabemos o que são raios globulares" é algo perfeitamente válido. Usar essa ignorância para afirmar (digamos) que espíritos são feitos de matéria escura ou que raios globulares surgem de Thor criando faíscas com Mjolnir é criar superstições idiotas.
Eu não acho que espíritos sejam feitos de qualquer coisa que estejam neste universo. Aliás, penso que o que existe neste universo é só uma variação ou uma parte ínfima do que haveria fora dele, quer dizer, em outros níveis de existência desconhecidos. Já quanto à origem de partículas, isso eu não sei, mas posso dizer que haveria um mecanismo que de alguma forma daria origem a tal. Pode ser que este Thor (vou ser irônico aqui) não seja uma entidade sobrenatural (pois o sobrenatural não existe, porque tudo tem uma base natural, mas não necessariamente material), mas na verdade um mecanismo fora deste universo.
A forma material é só um espectro de energia, da organização dela e do que forma esta matéria (partículas que se ligam entre si, dando origem à massa atômica). Nós, como seres materiais, temos esta ilusão de que a matéria é determinante, quando na verdade é só uma variação de condensação de energia. Tudo o que experimentamos de material nada mais é do que uma ilusão gerada pelos nossos sentidos materiais e grotescos. Energia é realidade, matéria é ilusão sensorial.
A propósito: existem fortes indícios de que as chamadas experiências místicas surjam de interações mundanas de neurotransmissores com os neurônios, pelo próprio fato de poderem ser criadas pela ação de drogas. Se os místicos acham que existe algo transcendente acerca dessas experiências e desejam ser levados a sério, então que arranjem uma explicação alternativa e falseável.
Um problema destas experiências é que elas quase sempre ocorrem de forma aleatória e não podem ser controladas em laboratório, mas isso não quer dizer que elas sejam falsas, no máximo duvidosas. Estas experiências das quais me refiro não seriam meras alucinações, mas sim verdadeiras experiências mediúnicas, e quando falo de experiência mediúnica, não me refiro a circo de charlatanismo... mas sim destes fenômenos realizados em locais sérios, sem aquela preocupação em provar nada.
E como você disse, indício, mas ainda não chega a ser uma verdadeira evidência... apenas uma aparência. Pode ser sim que estes fenômenos tenham uma relação com o cérebro, mas não necessariamente o cérebro em si ser a verdadeira causa do fenômeno, neste caso, mas apenas ser um mediador ou algo assim. Mas tenho certeza de que muitos, por suas convicções materialistas, vão se negar a pensar desta forma.
Não estou desconsiderando o método científico, apenas penso que muito do que é julgado e imposto na mente das pessoas pode não ser tão verdadeiro assim. O problema talvez não seja a ciência, mas a filosofia que as pessoas normalmente adotam, seja de forma consciente ou inconsciente.