Não é a religião em si que encolhe o cérebro, mas sim em como o próprio crente encara as coisas. Se ele for um fraco que não raciocina e se entrega cegamente a uma doutrina por questão de pura fé e sentimentalismo por motivos de carência afetiva ou trauma, daí sim seu cérebro estará para encolher, pois que este ato ele gera uma preguiça intelectual mórbida. Já aquele que se simpatiza mais com uma religião mas que mesmo assim a defende por questões racionais ou então critica diversos aspectos dela, então pelo exercício de sua intelectualidade seu cérebro não vai atrofiar.
O problema todo então é não raciocinar sua fé. Se sua fé tem uma forte base racional, dificilmente isso irá acontecer. Mas quando digo fé raciocinada digo no sentido de você mesmo se esforçar parta tentar defendê-la racionalmente, e não simplesmente dizer que acredita racionalmente, quando na verdade só estaria neste caso disfarçando e dando privilégio ao sentimento. Quer dizer, que de nada adiantará somente dizer que acredita racionalmente só porque sua religião diz que seu dogma é racional. Você mesmo deve raciocinar, senão daí vai ser fé cega mesmo.
É que nem na ciência, para mim o materialismo é inconsistente consigo mesmo. Toda matéria é energia condensada, mas energia não pode ser matéria, pois matéria é energia condensada. Ou seja, não existe matéria descondensada. Portanto por isso eu vi que o próprio conceito do materialismo é inconsistente. E isso fiz por meio de meu raciocínio, pelo exercício do meu pensamento. Muitos materialistas vão encontrar uma razão para defender isso, mas acredito que a maioria é apenas papagaio que repete um modismo. Quer dizer, que apenas diz que é racional porque dizem que o materialismo foi considerado racional.
Mas um conceito só se torna racional quando o próprio indivíduo raciocina, e não porque foi dogmatizado racional por conveniência acadêmica. O mesmo para religião.