Vejamos o que se pode fazer...
A formalização estreita não vai ajudar, como via de regra, até porque, logo abaixo do seu post... em seguida eu digo.
Não interessa o que eu penso.
Claro que interessa! Não é para diminuir-se tanto assim.
interessa o que eles chamam de complexidade.
É, de fato, interessa sim. E é exatamente por isso que pergunto, a "eles" e a você ("que não é eles")! Mas, muito mais que isso, interessa o que complexidade é ou pode ser.
dentro da quimica também mais complexo se diz respeito a moléculas com estruturas maiores,
Que outras com estruturas menores (e nem sendo regra absoluta), não em relação ao seu conjunto desmembrado. Em outra situação de tantas e tantas possibilidades, a 'monotonicidade' de uma cadeia linear de carbono pode ser interpretada como contenedora de menor complexidade que de uma ramificada, ainda que "molecularmente menor" (a ramificada). O problema e, principalmente seu (do problema) entendimento, está em deter-se no que apontei: complexidade-/organização. Acerque-se disso, daí aprofunde-se. DEPOIS, consegue alguma coisa. E não falo aqui da disponibilidade energética, o que determina a entropia energética, de que realmente se trata em termodinâmica.
proteínas são mais complexas que aminoácidos, segundo esses conceitos.
Ah, sim, "segundo esses conceitos"... Que bom! Pelo menos isso. Ocorre que a insidiosa simples falácia aqui está em que uma proteína pode ser mais complexa que aminoácidos, um, qualquer um deles, ou vários, mas não necessariamente que todos os seus constituintes, muito menos (que) qualquer quantidade arbitrariamente maior que a de seus constituintes, tomados em conjunto, segundo variadíssimas regras metodológicas .
porém, como explicar que aminoácidos produzem proteínas em reações laboratoriais.
http://www.diariodasaude.com.br/news.php?article=tecnica-criar-proteinas-artificiais&id=7209
como isso pode ser possível? se viola o argumento da termodinâmica que eles aplicam a evolução?
Não viola.
Olha, isso aqui está um certo problema mesmo... Não é bem isso. O que está no texto é referente a processos metamórficos e de insertação em substratos moleculares preexistentes, não extamente "montagem" de proteínas. E o mais importante, como sempre mantido em segredo em tais 'publicações', a técnica objetiva de realização do feito não é apresenta, só a 'modelação por computador', o que nada diz, de fato.
Então, por ora, o que vou dizer é...
Você está só redundando na sua formação molecular simples de óxido de hidrogênio. Nada de novo acrescentou aqui.
Se é essa sua dificuldade, a montagem pelo maquinismo celular, pela transferência informacional do ADN, de proteínas, não é 'termodinamicamente' em nada diferente de ligações que se realizem 'espontaneamente' ou por outras vias quaisquer. Energeticamente, só os balanços equacionáveis interessam. Informacionalmente, há balanços computáveis também, mas diferente abordagem, uma 'entropia diferenciada'.
Infelizmente, diferentemente do que muitos religiosos gostam de crer, não é fácil apresentar conceitos difíceis. Só mágica faria isso. Pensei numa ideia pictórica talvez algo simplificadora para talvez ajudar a visualizar melhor, mas agora, penso que tomaria mais linhas do que eu posso grafar. Depois.
ou só vale quando eles querem?
Não.