Acho que bonificar bons professores, ter metas de longo prazo, focar em disciplinas mais básicas sem ficar atochando sociologia, filosofia, história do Brasil, literatura nacional, educação física, informática, etc, ajudaria.
Na superdisciplina de matemática, teria geometria, lógica, algoritmo (com programação caso a escola possua laboratório).
Na de línguas, ensinar português, inglês, noções de latim e literatura mundial, de maneira unificada e organizada.
Na de ciências, ensinar a história da ciência em ordem cronológica, mostrando a evolução do método científico e explicando os motivos de cada ciência ter sido criada e como os cientistas chegaram às soluções.
Isso tudo pelo menos foi o que eu notei que era falho quando eu cursava o ensino fundamental e médio. Eram muitas disciplinas sem muita conexão entre elas e com lições dadas sem muita contextualização.