Chrono Trigger é bastante curto e incentiva o jogador a ficar experimentando. Você pode reiniciar a aventura diversas vezes mantendo os stats, pode brincar com diferentes personagens e formações, e a história é leve. As dungeons são simples.
Isto vem, acho eu, do DNA de Dragon Quest. As dungeons são simples, mas são divertidas mesmo assim, como em DQ - há alguns poucos puzzles para não se tornar algo chato, e a navegação e coisa e tal, a coisa do labirinto. Mas ainda assim é algo bem relaxado. As masmorras de Final Fantasy são muito ruins em comparação.
As batalhas são mais instigantes que as dos RPGs da época. O jogo tem várias side quests e a maioria das batalhas são evitáveis. Como as batalhas ocorrem no próprio mundo e não numa arena à parte do cenário, o.jogador raramente se perde após batalhar.
Isso é muito bom mesmo. E mesmo assim as batalhas não perdem no 'espetáculo' - os sprites são muito legais.
É uma pena que poucos RPGs seguiram o exemplo de Chrono Trigger. Os rpgs sempre foram games de nicho em que parece ser proibido tentar mudar a fórmula. Tanto é que o que foi feito no Chrono Trigger parece só ter sido possível por ser um game próprio, e não um FF. Mesmo os fãs adorando o game, dificilmente aceitariam aquele gameplay num FF.
Eu concordo que é uma pena que Chrono Trigger tenha sido pouco imitado, mas não é verdade que Final Fantasy não "muda a fórmula". Pensando apenas no sistema de combate:
FF = nunca joguei, FF II = jogo com sistema de progressão esquisita pra carai* (você ganha defesa apanhando, por exemplo), FFIII = job system, Final Fantasy IV = active time battle, FFV = job system com outro foco, FFVI = não consigo pensar em nada haha mas o mundo acaba meu Deus do céu, FFVII = sistema de matérias e
limit breaks, FFVIII = sistema de GFs e junctions (você 'rouba' magia dos monstros e a usa por estar conectado a uma invocação), e por aí vai. O último Final Fantasy então é quase irreconhecível.
Mas a verdade é que a série mudou, mas mudou para algo que as pessoas não gostam.

Uma coisa curiosa dos Final Fantasy de PSX é a quantidade enorme de mini-games. Como jogar um jogo de carta, andar de moto, pular num golfinho, coisa do gênero. É coisa curiosa, mas que na época era bem popular - acho que por causa da imersão, as pessoas se achavam menos limitada pelo gameplay usual (dungeon

batalha aleatória

chefe

mapa no mundo

cidade

mapa no mundo

repetir).
Uma curiosidade: você não acha que RPGs ocidentais não são tão formulaicos quanto os japoneses? Tenho a impressão que a maioria é, sei lá, Baldur's Gate, Diablo, e é isso.