Não há SO seguro, mas, no momento, devido ao pequeno número de usuários, o Linux é o mais seguro. Afinal, por que os hackers vão perder tempo criando vírus para atingir tão pouca gente?
Não acho que seja esse motivo, já que Linux é comum em servidores que são o "peixe grande" de crackers e script kiddos. Acho que é um conjunto de fatores:
* Rodar programas como administrador no Windows é comum, até pouco tempo atrás usava-se a conta de administrador como a principal. No Linux, usar o root no dia-a-dia é considerado noobice.
* Por padrão o Windows esconde extensões, daí o piá baixa um ninfetinhagostosa.exe da vida achando que é vídeo quando é arquivo executável. DEs de Linux não costumam fazer isso, então você sempre sabe qual o tipo do arquivo.
* Na maior parte das distros de Linux grandes, baixa-se novos programas através de repositórios centralizados. Enquanto isso, o usuário médio de Windows corre riscos baixando de sites quaisquer na internet.
* Mesmo um Ubuntu ou Mint da vida tem proporcionalmente mais usuários avançados que o Windows, e esses não caem em qualquer phishing que encoraje o usuário a rodar o vírus.
* A maioria dos programas de Linux é de código aberto; se há falha de segurança, alguém vai notar ("lei de Linus") e informar pro desenvolvedor. No Windows a maior parte é código fechado, então falhas de segurança podem ficar escondidas por anos, e só quem fez a engenharia reversa do troço (na maioria das vezes crackers) vai saber dela.
Quanto à pergunta original: pessoalmente creio que seja um Unix chamado OpenBSD. Um dos focos principais do sistema é segurança proativa, coisa que não ocorre muito no Linux para não causar regressão (algo que funcionava mas deixa de funcionar). Mas isso se aplica só ao cerne/kernel, já que o resto do ambiente dos dois é praticamente o mesmo.