Agora que já li mais sobre a conexão entre biologia do desenvlvimento e homologias posso responder a pergunta que eu mesmo fiz.
Realmente, não existe uma correlação necessária entre homologias e processos semelhantes de desenvolvimento embrionário.Quando se fala dessa conexão, isso depende de um processo específico de referência.Isso se refere a certos mecanismos críticos de desenvolvimento que não estão livres para evoluir facilmente, não um conjunto de regras gerais como os processos de desenvolvimento estão conectados a homologia.Não existem leis naturais em ontogenia como em física ou química.Assim, um programa de pesquisa empírica de investigação de homologias possíveis que podem ser detectadas pela embriologia é heurístico e serve para tornar as generalizações mais confiáveis.As etapas básicas da última consiste em descrever a forma intra e interespecifíca da variação de cada homologia hipotética, descrever o desenvolvimento de cada homologia hipotética e fornecer e testar um modelo de como as diferenças nas modalidades do desenvolvimento entre homologias hipotéticas efetuam diferenças em tendências variacionais.
Abordemos o método mais abordado nos livros-texto.Existe uma propensão existente no desenvolvimento embrionário que faz biólogos postularem que órgãos homólogos são estruturas que geralmente se desenvolvem de mesmos tecidos e localização no embrião.Em outras palavras, as estruturas devem ser homólogas também no embrião,usando os mesmos conceitos utilizados pelo critério morfológico.Por exemplo, os ossos da mão humana crescem dos mesmos tecidos das asas de um morcego e as nadadeiras de uma baleia.Mostro um artigo de P.Z.Myers intitulado "Bat development":
http://pharyngula.org/index/weblog/comments/bat_development com uma comparação em microfotografia de embrião de morcego e de embrião humano que mostra que as falanges, os metacarpos e os carpos dos dois se desenvolvem em posição embriológica semelhante.Entretanto, no livro de Gavin De beer que mostra que algumas estruturas ditas homólogas partem de diferentes camadas de tecidos embrionários.Na época em que De beer fez essa observação, esses eram casos inexplicáveis.Todavia, não são mais.Os biólogos agora sabem que órgãos podem ser estimulados a crescer em muitas partes do corpo (como olhos que crescem em asas de moscas, ver fotos num artigo de Eliane Evanovich da Biociencia,intitulado "Evolução da Visão em Cores" ) simplesmente se assegurando que químicos sinalizadores estejam presentes.Os órgãos homólogos de diferentes áreas talvez resultem simplesmente de mutações que afetam onde as proteínas sinalizadoras são expressas.A diferença no desenvolvimento do dedo de aves e de dinossauros terápodos mostra um exemplo de como uma diferença pequena no desenvolvimento pode conduzir a uma diferença não-óbvia na forma adulta, devido a um provável envolvimento da atividade do genes Hox na identidade dos dígitos.O elegante trabalho de Günter P. Wagner e Jacques A. Gauthier publicado no periódico PNAS mostrou em detalhe como ocorreu o favorecimento da retenção dos dígitos I, II, e III e o caminho de desenvolvimento que favoreceu a perda do dígito I, e pode ser visto no artigo “1,2,3 = 2,3,4: A solution to the problem of the homology of the digits in the avian hand”:
http://www.pnas.org/cgi/content/full/96/9/5111.Nesse artigo, os pesquisadores mostram que os dígitos com padrão I, II e III dos dinossauros terápodos podem ser homólogos aos dígitos II, III e IV das aves primitivas.O que acontece é que pode haver um deslocamento do dedo através do mecanismo que determina a identidade do dígito, assim CII (condensação do dígito II) se desenvolve como DI, o CIII como DII, e CIV como DIII.É plausível que os dinossauros terápodos também já tenham tido os dígitos II, III e IV. Essa pequena mudança ocorre no dedo de uma ave neozelandesa chamada kiwi em que os dígitos I e II tomam a forma do II e III com a perda da condensação do dedo I. Kiwis têm apenas dois dedos, e na ausência do dígito I(CII), o dígito II (CIII) ocasionalmente pode desenvolver o número e a forma de falanges do dígito I em vez do dígito II ou a característica de ambos.É igualmente revelador que, em kiwis, a terceira condensação nunca cresce para um terceiro dígito.Uma variação natural desse tipo demonstra claramente que não há uma relação entre a identidade do dígito (D) e a identidade da condensação (C). Quer dizer, dependendo do terápodo em questão, traços morfológicos característicos de um polegar (DI) pode se desenvolver a partir de qualquer das três diferentes condensações, isto é, qualquer CI (como, Herrerasaurus), CII (como, Archaeopteryx), ou CIII (como o Apteryx). Assim, só se vê que certas homologias morfológicas são formadas a partir do mesmo caminho de desenvolvimento, através de um exame mais detalhado da embriologia.Desse modo, realmente não é fácil detectar as homologias de linhagens em que novidades aparecem cedo em um ciclo de vida e podem ter influências profundas em um desenvolvimento posterior. Assim, ao identificar todos os modos de desenvolvimento para qual a homologia pode ser aplicada, pode-se evitar confundir a homologia do desenvolvimento precusor com homologia do caráter da forma adulta, como foi feito no caso dos dígitos de répteis e aves.Se assim fizermos, teremos uma generalização confiável, embora não seja possível fazer uma generalização como em física.