Eu não acho a otimização um bom motivo para usar o Gentoo; ela não faz muita diferença e deixou de ser um dos pilares da distribuição há tempos. Aliás, é justamente pelos usuários que colocam CFLAGS absurdas - os chamados "ricers" - tentando obter o máximo de otimização (o que nem sempre acontece; algumas CFLAGS tendem a deixar o programa mais lento) que o Gentoo tem uma má fama em alguns lugares, principalmente em listas de discussão do Debian.
E há algum tempo os stages 1 e 2 foram removidos da documentação, devido aos problemas que eles estavam causando.
Mas ainda existem vantagens nessa distro (que eu uso), como a qualidade do Portage (gerenciador de pacotes), a documentação e comunidade (geralmente dá pra resolver um problema bem rápido), e aparentemente programas compilados são mais estáveis que os binários (não vi testes sobre isso, mas é o que acontece aqui).
Ela não faz diferença?? Necessariamente, um fonte de SO compilado especificamente para uma arquitetura X vai exibir desempenho igual ou melhor do que o mesmo fonte de SO compilado de forma genérica - a não ser que a arquitetura forneça instruções específicas ineficientes (!). Isso tem a ver com o conjunto especial de instruções otimizadas da máquina (SSE, SSE2, MMX, 3DNOW) e outros recursos especiais, predição de desvio e pipeline, por exemplo. Nestes dois últimos, a ordem relativa das instruções no código influi muito, podendo conseqüênciar ganhos enormes de tempo de processamento. E ainda existem vários outros motivos, como poder deixar o kernel mais light e eficiente através da remoção de recursos desnecessários ao hardware atual. É claro que todas as distros permitiriam, à priori, que se recompile o SO completamente. Mas só o gentoo realmente encoraja isso.
Continuando, os stages 1 e 2 foram removidos apenas da documentação oficial, tais stages ainda são possíveis. Um stage 3 é perfeitamente capaz de suprir os stages 1 e 2. Como?? Veja:
Bootstrapping means building the toolchain (the C library and compiler) for your system after which you install all core system packages. To bootstrap the system, perform a stage3 installation. Before you start the chapter on Configuring the Kernel, modify the bootstrap.sh script to suit your needs and then run it:
Code Listing 3.7: Bootstrapping the system
# cd /usr/portage/scripts
# vi bootstrap.sh
# ./bootstrap.sh
Next, rebuild all core system packages with the newly built toolchain. We need to rebuild them since the stage3 tarball already offers them:
Code Listing 3.8: Rebuilding the core system packages
# emerge -e system
Abraços.