Não posso falar por experiência própria, mas o que acontece é o seguinte:
No caso do Gobolinux, os programas são compilados do código fonte (assim como no Gentoo) e o 'gerenciador de pacotes' distribui-os nos devidos diretórios. Mesmo assim, os diretórios /bin, /usr, /lib etc continuam existindo, eles só não aparecem. A idéia é que os programas ficassem melhor organizados, assim eu teria a pasta /Programs/Gimp/ e ela teria as pastas Current/, 2.2/, 2.0/.
Já o Resulinux é apenas um init melhorado, não vejo porque geraria problemas de compatibilidade. Segundo relatos o ganho de velocidade é incrivel. Tudo bem que a maioria das pessoas liga o PC uma vez por dia

Quanto ao Autopackage, alguém aí usa? Eu usei e ele mudou todo o menu K do meu KDE

. Foi fácil de consertar, mas não quero fazer isso toda vez que for instalar um programa.