A planta florescer ou não, não tem nada a ver com autofecundação. A flor é o órgão reprodutor das plantas angiospermas. Para haver fecundação é necessário haver flor, não importa se a planta é autofecundante, como o milho, por exemplo, ou girassóis, ou tem fecundação cruzada, tendo plantas masculinas e feminias em indivíduos separados.
O que acontece é que nem sempre as condições para florescimento estão adequadas. Cana-de-açúcar, por exemplo, não floresce no Estado de São Paulo, mas no Nordeste sim. Por isso os experimentos com cruzamentos em cana-de-açúcar são realizados lá.