O problema não está no pressuposto, todas os experimentos tem seus pressupostos e até deles que verificaremos se temos uma boa teoria.
Agora se de alguma forma, alguém manipula o experimento para dar um resultado esperado, seria um caso em que não houve um teste justo.
Quanto a controle, o cientista só tem controle sobre seus instrumentos, e através dos instrumentos ele obtém algum controle sobre a natureza.
Não adianta dar saltos, Boltzman não propor o átomo como explicação de comportamento dos gases, não formulou-a sem saber do comportamento dos gases , conhecimento que era antecendente e bem conhecido.Pode ser uma área ignorada e sem antecedentes, mas como os holistas falam, nada está tão desconectado, as explicações podem ser em peças diferentes mas que podem ter alguma ligação.Pode ser que esteja usando conhecimentos em Psicologia, o problema é se esta também tem bases sólidas.
Por falta de teoria(ou hipóteses) não há idéia de qual instrumento usar, ou são teorias que não tem instrumentos ou são testes sem teorias.Procurar as bases da formulação em campos bem sólidos como Neurologia poderiam ajudar, fazer como Boltzmann, procurar aquele problema que nenhum neurologista consegue explicar com as suas "peças" e investigá-lo e não usar suspeitas ou teorias que não resolvem os problemas de outra teoria.
Ps: acho que falei demais, afinal não sou um filósofo da Ciência, nem quero ensinar o padre a rezar