O MiKTeX na instalação básica já vem com o pdftex, se não me engano. Também é aconselhável usar o pacote que vem na distribuição.
Nesse link tem a instalação básica do MiKTeX. Ela vem com com alguns pacotes básicos, como o pdf[la]tex, os pacotes latex, o próprio tex, acho que um vizualizador de dvi, etc. Quando você instalar, dentro do diretório "bin" da distribuição provavelmente vai ter o utilitário pdflatex, é só você chamar ele com:
pdflatex arquivolatex.tex. Obviamente fica mais fácil você configurar o texmaker ou o texniccenter para fazer isso por ti.
Eu vou baixar e instalar novamente. Mas duvido que não seja só isso.