O bom do software livre é que, se for encontrado um bug, ele pode ser corrigido rapidamente. E também é mais fácil pra personalizá-lo, criar forks, etc.
A vantagem do software proprietário é que ele é mais atualizado, o que às vezes é melhor para empresas. Muitos softwares livres são feitos como passatempo, o que pode fazer com que ele seja abandonado facilmente.
Mas com grandes projetos isso não é comum de acontecer, e é por isso que eu defendo seu uso em órgãos públicos.
Existem vários programas proprietários para Linux, mas a maioria dos que conheço são jogos (Quake 1/2/3, Doom³, Unreal Tournament, etc.).
Quake não é GPL?