Ambos são 64bit e possuem dois núcleos, e ambos com transistores de 65nm.
O Pentium D925 tem o dobro de memória cache do Core 2 Duo E6300, isso significa que em programas com maior acesso a memória ele será mais ágil. Também consome bem mais energia do que o Core 2 Duo.
O Core 2 Duo tem uma frequência maior, se utilizado com um conjunto ideal de memórias (pares de memórias de DDR 2 533 formando 1066) tem uma performance muito boa. No entanto se você utilizar memórias com frequência abaixo de 533 ou se o DDR2 não for ativado você terá um mega-processador com um gargalo de memória.
O lance da memória é mais fácil contornar no Pentium D, basta usar um ou mais pares de memórias DDR2 de 400, mais baratas e acessíveis do que as de 533.
Eu escolheria o Core 2 Duo, com uma placa mãe intel boa e memórias DDR2 de 533.