Embora o formato E=MC2 tenha a ver com energia que pode ser extraída da matéria, ainda sim, o átomo é matéria. Ou não, somos formados de "energia"? O átomo é material e pode ser convertido em energia, caso contrário o conceito de que somos seres materiais vai pro ralo. Ou estou errado e teria batido em um pastor injustamente (se é que isso é possível)? 
Pelo que já li dependendo do que vc esta falando energia pode ou não ser considerado matéria, mas é como eu falei depende do contexto do que o pastor estava falado. Matéria geralmente é algo com massa e volume, mas na cosmologia dark energy tmb é considerada matéria por exemplo.
Embora o formato E=MC2 tenha a ver com energia que pode ser extraída da matéria
A energia não é extraída da matéria, a matéria vira energia, o inverso tmb é possível, a energia pode se transformar em matéria, é essa a base para o modelo atual do Big Bang que diz que toda a matéria do universo estava contida em um ponto do tamanho desse ponto aqui
., ou estava contida em nada pq energia não tem volume.