Buckaroo, eu não entendi muito bem o que você propôe, pode tentar colocá-lo de outra forma?
Por enquanto, acho que é interessante já deixar alguma coisa pra te ajudar a tentar reescrever.
Veja bem, Matemática não é o conjunto das ferramentas numéricas[1] que usamos para descrever fenômenos, de certa forma, essas ferramentas são sim os produtos de se aplicar a Matemática à uma série qualquer de pressupostos.
De fato, matemática não tem a ver com "realidade", mas com "verdade". Isso é, os axiomas (nossos pressupotos), ao contrário do que somos geralmente levados a entender no ensino médio, não são verdades auto-evidentes, mas sim pontos de partida. Assim sendo, não é o objetivo da Matemática produzir resultados que necessariamente se verifiquem no mundo real/concreto, mas sim produzir resultados (que podem perfeitamente ser abstratos) que sejam conclusões lógicas necessárias das pressuposições iniciais (os axiomas, que podem ser, sem qualquer perda de "valor", contra-intuitivos, ou mesmo "irreais").
Aliás, nem faz sentido esperar que axiomas ou suas conclusões tenham qualquer lastro no real/concreto. O real/concreto não é o cenário nem tampouco o assunto da matemática. Se ela se presta a descrevê-lo só quer dizer que ela é útil para fazê-lo, não que ela deva fazê-lo. Quer dizer, não é necessário desenvolver uma nova matemática especial para descrever os fenômenos estudados por outras ciências (tenho dúvidas mesmo se isso seria possível), ela já está lá, inserida na Matemática, basta-nos encontrá-la (não que seja fácil, aliás é muito difícil, mas fascinante).
E outra coisa, mudar os pressupostos não muda a Matemática (continuamos derivando conseqüências lógicas necessárias, apenas de pontos de partidas distintos), muda sim as ferramentas que ela produz.
Em termos de usar a Matemática como língua universal, o principal problema não estaria em fazer a Matemática em si, mas em descobrir exatamente quais os axiomas dos quais partem outras civilizações que contactemos. Uma vez compreendidos, poderíamos derivar as mesmas conclusões lógicas necessárias que eles e abrir um canal de comunicação. *E sendo assim, suponho que quanto mais complexos se tornassem os assuntos Matemáticos da comunicação, menos complicada ela se tornaria.*
[1]Aliás, pra já deixar claro de cara: a Matemática não é necessariamente a respeito de números.
EDIT: Adicionei a frase entre os astericos.