(vou explicar mesmo não sendo biólogo)
Não é lamarckismo. Um aspecto de uma espécie (como pouco espaço na mandíbula) pode implicar em vantagens reprodutivas para certos tipos de variação em outros aspectos (como o número total de dentes ou algo que indiretamente implique nisso). Características exercendo "pressão" seletiva sobre outras características, só que pertencentes a mesma espécie.
Mas isso não seria verdade apenas nos nossos antepassados da savana? Um siso incluso ou semi-incluso por falta de espaço pode levar a uma infecção que ou impede a alimentação ou acaba levando ao óbito por sepse (o que parece não ser o caso naquela época), mas hoje há tratamento, nem que seja a extração (e quando digo hoje é uns 1000 anos mesmo). E a alimentação que causou a perda do espaço é bem mais recente. Onde estaria a vantagem aqui?
O problema ficou mais confuso agora, parece que tem uma cronologia mais específica de reduções no tamanho da mandíbula e supostas causas disso, quando eu pensava em linhas mais gerais.
Bem, de qualquer forma, se só há uns 1000 anos que a extração de dentes problemáticos se tornou segura e acessível, então até lá ainda era possível existir alguma seleção para não haver a eclosão desses dentes. Isso não garantiria que todas as pessoas já teriam esses genes. Mas se só depois disso que se supõe ter havido uma nova tendência a redução de espaço na mandíbula, parece que não há realmente muito espaço para seleção natural (supondo acesso e segurança na extração dos dentes bastante universal).
Nesse caso, acho que a resposta dele desaparecer por não haver espaço é totalmente "desenvolvimentista", não "selecionista", conforme mencionei brevemente a possibilidade:
Existem ainda outros mecanismos meio "lamarckoides" que podem até ter relação com a questão dos dentes do siso, uma certa suscetibilidade do desenvolvimento dos dentes e da mandíbula a esforços estruturais vindos da mastigação. Na verdade isso é muito pouco "lamarckóide", é tanto quanto o desenvolvimento muscular - só "é transmitido" aos filhos através do compartilhamento de um ambiente que conduza aos mesmos esforços.
Mas não é o que ocorre. Quando a pessoa nasce, ele meio que já possui todos os germes dentários. Não é a falta de espaço que causa a anodontia do elemento, mas sim a sua inclusão, ou seja, ele existe mas não erupcionou. Existem outras causas para a anodontia, como uma infecção durante a formação do germe dentário, mas não é uma característica que se possa passar adiante, apenas uma situação clínica que levou a perda do germe.
Ao que parece, se eu entendi bem a situação que você explicou, e como disse no trecho aneterior, não há muita oportunidade para seleção natural, a única forma de manter a explicação do dente do siso se tornar mais incomum por falta de espaço é através do desenvolvimento.
Ou seja, não existe (ou não apenas) a independência genética/ontológica entre a eclosão dos dentes e tamanho da mandíbula, mas os dentes eclodem mais ou menos automaticamente conforme houver espaço ou não.
Então, se a dieta mais recente induz a um menor desenvolvimento da mandíbula (ou seleciona uma mandíbula menor, o que parece menos provável e significativo), então isso levaria a se desenvolver menor espaço para esses dentes, que simplesmente tenderiam a não nascer, em função disso. Com a possibilidade de um estágio intermediário onde há a necessidade de extração e etc.
Eu até deixei essa possibilidade de explicação meio de lado porque você tinha dado até um nome para um gene que seria responsável por não se ter dentes do siso, então pensei que seleção deveria mesmo ser ocaso, que se soubesse de haver uma determinação mais independente entre dentes do siso "tentarem" nascer e o tamanho da mandíbula.
Mas não sei se é isso não. Estou só especulando. Se é, o que deve se encontrar são pessoas com mandíbulas menores e maiores geralmente sem qualquer problema, as primeiras porque os dentes simplesmente ficam lá sem "tentar" eclodir pela falta de espaço, e os últimos por eclodirem perfeitamente por haver espaço, e pessoas com mandíbulas no meio-termo com a situação problemática quanto a erupção do dente. (E não pessoas com espaço, mas com eles totalmente "dormentes", ou pessoas sem espaço, mas com eles "tentando" sair de qualquer forma)