O problema central dela é que se utiliza da microbiologia, em especial das bactérias, para justificar seu argumento da evolução não ser consistente, mas ela convenientemente se esquece que as bactérias existem há bilhões de anos e possuem uma taxa de mutação muito maior que organismos pluricelulares. Ou seja, existe um período muito grande para que a evolução atuasse na "construção" de elementos como os flagelos. Esquece também que existem organismos ainda mais simples que as bactérias (como as arquebactérias e vírus) que podem ter originado as atuais bactérias. Esquece também que o planeta no início da formação da vida era muito diferente de hoje e os organismos mais simples de então podem simplesmente estar extintos. Mas a própria microbiologia serve como argumento para a defesa da TE, tanto por causa dos diversos experimentos já realizados quanto pelas estruturas presentes na própria célula. Assim, o ambiente citoplasmático é mais semelhante àquele de éons atrás que hoje. A célula também possui uma mitocôndria que é claramente um procarionte capturado em algum momento da história evolucionária.