O ideal talvez até fosse de alguma forma promover a proliferação de cepas não-resistentes (idealmente, menos virulentas, claro). Se não me engano tem até alguma espécie de metodologia de tratamento que usa esse princípio ecológico/darwiniano de combate, só que dentro do hospedeiro. Eu imaginei essa possibilidade com bactérias uma vez, por causa desse problema mesmo, fui procurar e vi algo sobre ter sido pensado com vírus, que nem imaginava que pudesse se aplicar. Não sei em que pé está a coisa, para quaisquer dos casos.
A diferença é que bactérias podem transferir sua resistência a antibióticos a outras bactérias não resistentes através dos plasmídeos.
Bem, não sei quanto é comum, mas vírus também podem transmitir genes entre si, então teoricamente acho que não seria essa a diferença.
Além disso, isso dependeria principalmente dessa resistência já estar baseada nos plasmídeos, "de preferência" os de transmissão horizontal mais autônoma, e não em outros ou no genoma "central", cromossômico. E isso se daria mais ou menos ao acaso, as bactérias não têm como prever que alguns genes serão muito úteis e buscar disseminá-los ou obtê-los (em vez de trocar igualmente os que conferem vantagem ou desvantagem no futuro).
E mesmo assim, se fosse possível cultivar não uma vunerabilidade ao antibiótico (ou antiviral, extendendo para vírus também), mas sim uma dependência a um outro fator que se administrasse como controle, o problema seria eliminado -- a menos que elas também transmitissem "inteligentemente" a independência a esse fator de controle, o que eu acho duvidoso. No mínimo seriam duas formas de ataque em vez de uma.
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