Acho que racionalizam dizendo que os infiéis não são simplesmente não-muçulmanos (que também são "as pessoas do livro"), mas algo muito pior a ponto de se precisar "mesmo" matar, e/ou que "matar" não é literal.
Possivelmente do mesmo jeito que pessoas que acreditam na bíblia explicam centenas de passagens absurdas em Levítico, Deuteronômio, Exôdo, etc...
Ou o próprio Jesus, com vim trazer a espada, não a paz, ou algo que o valha. A espada sendo só uma "metáfora" para pregação ou sei lá o que, em vez de matança.
Essas palavras foram ditas realmente por Jesus. Toda idéia nova forçosamente encontra oposições, e nenhuma há que se implante sem lutas, e as resistências, as lutas, são proporcionais à importância dos conceitos, por que quanto maior ela for tanto mais são os interesses que ferem o ser humano. Quando são palavras sem importância, elas passam até despercebidas. A importância de uma idéia nova como a que Jesus veio trazer "Amar à Deus acima de todas as coisas e ao próximo como a si mesmo", "amai aos vossos inimigos", "fazei bem aos que vos perseguem", quem mata pela espada, pela espada perecerá". Isto veio causar um "reboliço" na mente humana, por que o homem teria que expurgar o orgulho, a vaidade, o egoísmo de dentro de si mesmo.
Ainda mais na época dele,que os preconceitos eram tido como a mentalidade correta e a tolerancia uma fraqueza e até mesmo cumplicidade.
Quando,por exemplo, ele dizia que reis e escravos eram iguais perante Deus,horrorizava quase toda a sociedade que pensava de maneira totalmente diferente.
Então,pela lógica,seu novo modo de pensar e viver realmente traria guerras posteriores,porque,sem dúvidas,muita gente não queria que as coisas mudassem,porque estavam muito bem como era.
Bem provável tbm que Jesus sabia que surgiriam muitos cristãos fanáticos,que não respeitariam a escolha de outros,e assim,nada teriam de cristão,assim como tbm temos fanáticos ateus e ateus equilibrados.