Seria até um pouco o contrário. Deus onipitente é logicamene refutável porque onipotência é algo que não pode existir. Já demais deuses apenas superpoderosos em diversos graus em algumas questões até poderiam ser refutados, mas o problema é que sempre se pode ficar inventando hipóteses ad hoc cogitando alguma explicação lógica pela qual apesar de tudo indicar o contrário, ainda existisse tal ser.
Contudo penso que isso não faz realmente o conceito algo merecedor de um agnosticismo no sentido de ficar "em cima do muro" quanto a essa possibilidade, não mais do que qualquer outra coisa igualmente irrefutável que qualquer um simplesmente inventar. Como deuses-borboleta, solipsismo, etc.
O significado original de agnosticismo (embora menos usado) no entanto é apenas a aceitação de que algo não pode ser comprovado ou refutado, não implicando nada quanto à crença sobre isso. Nesse sentido somos obrigatoriamente agnósticos a menos que pensemos que de fato possamos refutar ou comprovar essas coisas -- o que ninguém realmente pode. Agnosticismo, nesse sentido, não é um meio termo entre ateu e deísta ou teísta, a pessoa pode ser ateísta e agnóstica ou até mesmo teísta ou deísta e agnóstica (o teísmo seria provavelmente um tanto heterodoxo/não muito fiel se a religião normalmente apresentar o que supoem serem evidências de suas afirmações).