Buck, vou ler o texto que você passou e já volto.
Ah, lembrei de outro termo com uma conotação neutra, se não positiva: neopagão. Especialmente por ser um termo que detratores do paganismo raramente usem.
Eu acho que a conotação vai depender mais da interação do prefixo com a raiz que somente do prefíxo.
Se a raiz é considerada positiva, o 'neo' pressupõe atualização da mesma, portanto algo positivo. 'Pós' pressupõe ruptura, portanto seria negativo.
Para raízes consideradas negativas, isso se inverte.
Acho que assim a gente consegue explicar o porquê de 'neoateu' ser pejorativo - para muitas pessoas, 'ateu' por si só é pejorativo.