As coisas não precisam ter necessariamente uma "vantagem evolutiva" para existir.
Poderia ser que simplesmente ter ou não ter barba seja um efeito colateral de diferenças hormonais em homens e mulheres, cujas funções principais são outras.
Mas isso não é necessariamente toda a explicação, pode ser que algo assim tivesse sido amplificado por talvez os pré-humanos machos preferirem fêmeas menos barbudas, até por serem mais distintas dos machos dessa forma. Se as fêmeas preferissem os machos barbudos, isso poderia reforçar as bases genéticas para o dimorfismo.
Acho que algo um pouco nas linhas do que o sergiomgbr disse também acontece: há alguma variação racial signficativa, talvez o clima tropical favorecesse um corpo especialmente mais pelado, incluindo sem barba, em homens e mulheres, mas essa pelagem por vezes "voltou" (e/ou não havia ainda desaparecido no grau atual dos africanos quando os humanos migraram da África) em climas mais frios, como nos europeus e nos japoneses Ainu, bem como por vezes falhou em desaparecer no mesmo grau ao retornar para climas mais quentes, como com os australianos e tasmanianos (mas não com os polinesianos e andamanianos).