Eu não entendi como o que o que você colocou se relaciona especificamente com o que foi citado, mas... acho que a ciência deve "tratar" idéias como uma teoria quando de fato forem, o que geralmente não é bem o caso com religião/idéias religiosas. Apenas de vez em quando se tem algo como um estudo sobre o efeito de orações ou outros rituais sobre doentes. De modo geral as idéias religiosas são quase que estrategicamente infalseáveis/não-científicas. E acho que quando são assim, são praticamente inócuas na maior parte do tempo. No mínimo na vasta maior parte do tempo melhor do que uma situação alternativa onde isso seja trocado por maior rejeição da ciência pela população.
Algo parecido vale também para a divulgação científica, o quanto mais tentar se restringir apenas ao que é científico sem ficar enfatizando quaisquer eventuais implicações religiosas, melhor. Provavelmente será mais eficaz se deixar essas coisas de lado, pela carga emocional que tem para a maioria das pessoas. Ataque isso e provavelmente irá encontrar maior rejeição daquilo que você está associando ao ateísmo (em comparação a uma apresentação que não fizesse essa associação), e talvez até mesmo maior simpatia a idéias mais fundamentalistas/"intervencionistas fortes" (como criacionismo/desenho inteligente com ancestralidade comum universal).
A mim isso parece bem lógico mas eu não tenho "provas" e nem sei na ponta da língua os indícios disso. Só me parece uma expectativa muito mais realista da psicologia humana. O que os ateus anti-acomodacionistas parecem esperar são diálogos meio como "aqui, estes são os fatos, logo o sobrenatural e deuses são algo da mais alta improbabilidade, bem como totalmente desnecessários", que obtem como resposta, "oh, realmente. Muito perspicazes suas observações, e seu raciocínio lógico é irretocável. Obrigado por me esclarecer desses fatos, assim me dissuadindo de crenças totalmente insustentáveis que eu tinha até um momento atrás".
Quando a realidade me parece ser sempre de resistência e até mesmo de andar para trás diante dessas exposições. Algo como "mmmm, interessante... admito... mas você se esquece do fator transcendental [...] logo no mínimo ou tudo é como descreve a ciência mas com um mundo sobrenatural intocado por trás, ou ainda com algumas interferências que a ciência não consegue desvendar, e darei ênfase nisso daqui por diante", bem como "isso na verdade requer mais fé do que a crença que você tenta destruir, [...] e assim os animais foram salvos na arca de Noé", e isso provavelmente não é algo sem conseqüências.