Não sei, mas palpito que seja só "bagagem" de naturalmente não ter havido o desenvolvimento de métodos contraceptivos por muito tempo, de forma que as mulheres mais provavelmente engravidavam quase sempre, não havendo esse "desperdício" de modo geral.
Ao mesmo tempo, para que a alternativa evoluísse, precisaria existir, seja originária de um "salto", ou de variações graduais, que fossem vantajosas ao ponto de fazer com que eventualmente toda humanidade fosse descendente de mulheres com ela.
Acho que nem uma origem por "salto" disso seria necessariamente uma tremenda vantagem reprodutiva, e muito menos variações graduais até a versão completa. Tanto por talvez o gasto disso para os humanos e outros primatas (que imagino, devem ter condições similares) não ser tremendo, como por naturalmente ser algo raro, pela fecundação ser mais comum.
Mas talvez haja ainda outras explicações, vantagens adaptativas nesse estado das coisas, também. Como no mínimo ser mais "barato" esse descarte do que uma manutenção funcional.
Esse texto aqui vai mais longe e coloca as coisas como uma competição de "cabo de guerra" entre os embriões e as mães em algumas espécies:
http://www.bbc.com/earth/story/20150420-why-do-women-have-periodsAs a result, an egg may be several days old by the time it gets fertilised, says Emera. Ageing eggs may result in abnormal embryos.
Essa "idade" do óvulo deve ser contada a partir da fecundação, porque, se não estiver enganado, as mulheres/fêmeas de diversas espécies, já nascem com os óvulos que vão eventualmente ovular, não havendo mais oogênese para criar ovos mais novos que elas mesmas...
https://en.wikipedia.org/wiki/Oogenesis
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Number of primary oocytes[edit]
It is commonly believed that, when oocytogenesis is complete, no additional primary oocytes are created, in contrast to the male process of spermatogenesis, where gametocytes are continuously created. In other words, primary oocytes reach their maximum development at ~20[5] weeks of gestational age, when approximately seven million primary oocytes have been created; however, at birth, this number has already been reduced to approximately 1-2 million.
Recently, however, two publications have challenged the belief that a finite number of oocytes are set around the time of birth.[6][7] The renewal of ovarian follicles from germline stem cells (originating from bone marrow and peripheral blood) has been reported in the postnatal mouse ovary. In contrast, DNA clock measurements do not indicate ongoing oogenesis during human females' lifetimes.[8] Thus, further experiments are required to determine the true dynamics of small follicle formation.
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Como sempre, os evolucionistas estão pasmos, sem saber dar resposta alguma.